국립보훈원은 국가유공자와 그 유족의 양육·양로 보호 및 자활교육을 위해 1962년 4월 6일 착공하여, 1963년 1월 18일 종합원호원으로 개원하였다.
그 뒤 1969년 8월 명칭이 국립원호원으로 변경되었고, 1972년 2월에는 농사보도교육이 폐지되었으며, 1976년 12월에는 직제를 개편해서 직업보도소를 폐지하는 한편, 국가유공자 및 그 가족에 대한 정신교육과 보훈공무원의 직무교육 과정을 신설하였다.
이어 1981년 3월에는 다시 공무원 정신교육과정을 신설하여 운영하다가 같은 해 11월에 교육기능의 내실을 기하고자 직제를 다시 개편, 교수부를 신설하였다.
1985년 1월 1일 원호처가 국가보훈처로 명칭이 변경되면서 국립원호원도 국립보훈원, 1998년 2월 28일 <정부직제중 개정>에 따라 보훈연수원으로 각각 명칭이 변경되었다. 보훈원의 주요 임무는 크게 양육·양로 보호 및 교육훈련으로 구별된다.
양육보호는 무의탁한 국가유공자의 미성년 자녀를 만 20세까지(단, 재학생은 졸업시까지) 보호하는 것으로서, 의식주 및 일용품 지급과 의료보호 및 용돈지급, 대학까지의 취학보호와 졸업시 직장알선 및 정착금 지급을 보호내용으로 하고 있으며, 보호규모는 현재 150명 선이다.
양로보호는 무의무탁 노령 국가유공자 및 유족으로서 국가유공자 본인은 남자인 경우 60세, 여자인 경우는 55세부터, 가족은 남자인 경우 65세, 여자인 경우 60세부터 보호하는 것으로서, 숙식 등 문화생활 영위와 일체의 생활용품 및 용돈지급, 사망시 보훈원 묘지안장을 보호내용으로 하고 있으며, 보호규모 또한 150명 선이다.
한편, 교육훈련에 있어서는 보훈처 소속공무원과 각 중앙부처 공무원에게 투철한 공직윤리관 및 시대적 사명의식을 확립시키기 위한 정신교육과 발전지향적인 업무수행능력 및 자질향상을 위한 직무교육을 실시한다.
제대군인에 대한 사회정착교육을 비롯하여 국가유공자와 그 가족에 대하여는 새 시대에 부응하는 가치관의 정립과 국민으로부터 추앙받을 수 있는 국가유공자상 구현을 위한 정신교육을 실시하고 있다.
조직은 이사관 또는 부이사관의 원장과 그 밑에 행정지원을 하는 서무과, 원생의 양육·양로보호를 전담하는 보호과, 그리고 교육을 전담하는 교수부에 교학과를 두고 있으며, 그 밖에 양육·양로 보호중인 원생을 직접 보살피는 아동보육소·양로소·의무실 등을 두어 총 106명의 정원으로 운영하고 있다.
양육·양로 보호는 건전한 인격 함양과 문화복지생활의 보장에 역점을 두고 있으며, 교육훈련에 있어서는 국가 현실의 올바른 인식과 국가관·사명감의 고취, 국가유공자의 긍지 함양과 공무원 직무수행능력 배양에 중점을 두어 실행하고 있다. 현재 보훈원 본원은 경기도 수원시 영화동에 있다.