우리나라에서 최초로 군사원호에 관한 주무기관을 설치한 것은 1900년(광무 14) 11월에 조칙으로 공포한 「순절장졸세록시행건(殉節將卒世錄施行件)」에서 군사원호업무를 원수부(元帥府)에서 관장케 한 것이다. 한편, 광복 후인 1948년「정부조직법」이 제정, 공포되었으나, 그때는 군사원호업무를 총괄할 기관에 대한 규정이 없었으며, 국방부와 사회부(후의 보건사회부)의 두 기관에서 분담하는 2원체제를 갖추고 있었다.
국방부의 경우를 보면 1948년 12월 국방부직제 개편에 따라 국방부 제1국에서 원호무휼업무(援護撫恤業務)를 관장하게 되었고, 1955년 2월부터는 병무국에서 원호업무를 관장하게 되었다. 한편, 사회부의 경우를 보면 1949년 10월 사회부직제 개편으로 사회부 사회국에 군사원호과가 신설되어, 상이군인 및 유가족의 보호업무를 행하도록 하였다.
1950년 한국전쟁으로 원호대상자가 증가함에 따라 사회부의 군사원호과를 원호국으로 승격시키고, 군사원호과 · 경찰원호과 및 보도과를 설치하였으며, 1953년 2월에는 연금과가 추가로 신설되었다. 1955년에는 보건부와 사회부가 통합됨에 따라 보건사회부 원호국에서 군사원호업무를 행하였으나, 원호국은 군사원호업무 외에 다른 사회 · 후생업무도 함께 관장하였다.
원호업무가 완전히 일원화된 것은 5 · 16군사정변 직후인 1961년 7월 21일 「군사원호청설치법」에 따라 당시 보건사회부 원호국의 연금과 · 보도과 · 원호과와 국방부의 연금업무 등을 하나로 통합하여 내각 소속의 군사원호청을 발족시킴으로써 이루어졌다. 그리고 청장은 1급공무원으로 보하게 하였다.
그 뒤 1962년 4월 16일 원호처로 바뀌었고, 처장을 정무직의 장관급으로 승격시켰으며, 1963년 12월 14일 「정부조직법」 개편으로 중앙행정기관으로 격상되었다. 원호업무의 일원화 후 원호업무는 이전까지의 사회방치성을 지닌 소극성을 벗어나 국가에 의한 적극성을 띠게 되었다.
한편, 원호업무에 관한 법제정을 보면, 1950년 4월에는 「군사원호법」, 1951년 4월에는 「경찰원호법」에 따라 원호업무를 맡아보았으나, 재원의 한계 등으로 충분한 원호를 하지 못하였다. 1961년 11월에는 「군사원호보상법(軍事援護補償法)」에 따라 군사원호에 관한 기본원칙을 정하고 「군사원호보상급여금법」 · 「군사원호대상자임용법」 · 「군사원호대상자고용법」 · 「군사원호대상자정착대부법」 · 「군사원호대상자자녀교육법」 등의 제정 · 시행과 함께 군사원호에 관한 획기적인 조치가 있었다.
설치 당시 원호처에는 기획조정관 · 관리국 · 원호국 · 회계국 및 총무과를 두었고, 하부조직으로 지방원호청 · 종합원호원 · 원호병원 · 직업보도원을 두었으며, 1963년에는 직업보도원을 직업재활원으로 개편하고 기획조정관은 기획관리관으로 하였다. 1970년 3월에는 공보담당관과 비상계획담당관을 신설하고, 1971년 9월에는 단체지도담당관도 신설하였다.
1978년 6월에는 회계국을 운영국으로 개편하였으며, 1981년 11월에는 기획관리관을 기획관리실로 승격시켰고, 1984년 12월 31일 국가보훈처 직제 개편에 따라 1985년 1월 원호처의 명칭을 국가보훈처로 개칭하였다.
그리고 업무도 종전의 업무 이외에 군인 및 전투경찰과 순경의 사망급여, 대간첩작전희생자의 원호, 국가유공자자녀 취학업무의 지도, 학자금의 지원, 취업의 알선, 국가유공자단체의 지도, 국가유공자의 주택지원, 군인보험금의 업무 등이 추가되었다. 1998년 2월 28일 정부구조조정정책을 위한 「정부조직법중개정」에 따라 처장을 차관급의 정무직, 차장을 1급의 정무직으로 하향하였다.
1998년 2월 현재 국가보훈처 직제로는 처장 밑에 공보담당관, 차장 밑에 기획관리관 · 감사담당관 및 제대군인지원계획을 수립 · 총괄 · 조정하는 제대군인정책관이 있고, 처에 총무과, 국가유공자의 보훈에 관한 사무를 관장하는 보훈관리국, 국가유공자의 선양을 통한 민족정기선양사업에 관한 업무를 관장하는 보훈선양국 및 국가유공자복지계획을 수립 · 총괄 · 조정하는 복지사업국이 있다.
처장소속하에 국가유공자 및 유족의 정신교육과 제대군인의 사회정착교육 등을 담당하는 보훈연수원과 국립4 · 19묘지관리소가 있다.
소속기관으로는 국립보훈원과 5개의 지방보훈청(서울 · 부산 · 대전 · 대구 · 광주)과 20개의 지청이 있다. 국립보훈원에서는 원호대상자의 수용보호 · 정신교육 및 국가보훈처 소속 공무원의 교육훈련을 관장하고 있으며, 지방보훈청은 일선에서 보훈업무를 처리하며, 보훈청에는 지도과 · 원호과 · 관리과 · 운영과를, 지청에는 원호과 · 관리과 · 운영과를 두고 있다.
또한 원호처의 지도 · 감독을 받는 법인으로 1981년에 종전의 국립원호병원과 국립직업재활원을 통합하여 한국원호복지공단을 설립, 원호대상자의 진료와 중상이자에 대한 의학적 · 정신적 재활 및 직업재활을 실시해 그들의 자립 · 정착을 도와주고 있다.
2017년 7월 시행된 「정부조직법 개정안」에 따라 국가보훈처장 지위를 장관급으로 격상하였다. 2023년 6월 5일 국가보훈부로 승격되었다.