우리나라의 관세제도는 19세기 말 우리 나라가 개방정책을 채택하면서부터 확립되었다고 할 수 있다. 물론 그 전부터 중국·일본 등과의 교역은 있었으나, 공무역이 위주였고 사무역은 비공식적인 것이었기 때문에 관세제도가 확립되지 못하였다.
1876년 강화도조약으로 일본과 교역이 시작되었으나, 일본측이 관세제도를 이해하지 못하던 조선의 관리를 속여 <조일무역규칙>을 체결하고 7년간의 무관세를 인정받았다. 그러나 조선정부는 1878년 관세규정을 제정하여 내국인으로부터 관세를 징수하였고, 미국 등과의 통상협정에는 일본과의 경우와 같은 잘못을 저지르지 않고 관세를 징수하였으며, 1883년부터 일본인에게 관세를 부과하였다.
1910년 우리 나라를 합병한 일본은 선진외국에 대하여 10년간 조선에서의 이익을 보호하겠다는 약속을 하였고, 이에 따라 종전의 제도가 유지되었다. 그러나 1912년 3월 종전의 제도가 불문율적인 관습에 따라 부과되어 부당하다는 이유로 <조선관세령>·<조선관세율령>을 제정하였으며, 1920년에는 선진외국과의 보장기간이 끝나면서 <관세법·관세정률법·보세창고법 및 가치장법에 있어서 특례에 관한 건>을 제정하여 일본의 제도를 그대로 답습하였다.
1945년 미군정 때에도 일본의 제도를 부분적으로 보완하여 시행하였고, 1949년 11월에는 최초의 우리 <관세법>을 제정, 시행하게 되었다. 이는 산업구조의 고도화와 함께 국제화시대에 맞추어 제정된 것으로, 1967년 11월 전문개정될 때까지 열네 차례의 부분개정이 있었고, 1967년의 개정법률은 여러 차례의 부분개정을 거쳐 지금까지 시행되고 있다.
이 법률은 11개의 장과 243개의 조문 및 방대한 양의 관세율표로 구성되어 있는데, 제1장(총칙)에서는 용어의 정의 등 일반적인 사항, 제2장(과세)에서는 과세의 요건, 부과와 징수, 감면·환급, 징수유예 및 심사·심판, 제2장의 2(국제관세협력)에서는 외국에 대한 관세의 양허 및 통관절차의 편의 등에 관하여 규정하고 있다.
제3장(운수기관)에서는 선박과 항공기 및 차량 등이 관세징수와 관련하여 지켜야 할 사항을 규정하며, 제4장(보세구역)에서는 지정보세구역·보세장치장·보세창고·보세공장·보세전시장 및 보세건설장과 같은 특정한 지역에 반입된 외국물품에 대하여는 일정한 조건하의 수입으로 보지 아니하여 관세를 납부하지 아니하도록 규정하고 있다.
제5장(운송)에서는 외국물품을 국내에서 운송하거나 내국물품을 외국무역선 등에 의하여 운송하는 경우에 필요한 사항을 규정하고 있으며, 제6장(통관)에서는 물품의 수입·수출·반송 및 우편물의 통관에 관하여 규정하고 있다. 제7장(관세사)에서는 통관업무를 대행하고 관세에 관한 민원서류를 대리하며 관세에 관한 상담을 하는 관세사·통관법인 및 관세사법인에 관한 사항을 규정하고 있다.
제8장(세관공무원의 직권)에서는 세관공무원의 서류제출 등의 명령권, 총기의 사용권 등을 규정하고, 제9장에서는 벌칙을, 제10장(조사와 처분)에서는 관세범은 관세청장 또는 세관장의 고발이 있어야 공소를 제기할 수 있도록 하고, 관세청장 또는 세관장은 벌금형에 처하는 것으로 정상이 인정되는 관세범에 대하여 벌금에 해당하는 금액을 납부하도록 통고처분을 할 수 있도록 규정하고 있다.
제11장(보칙)에서는 세관의 근무일시, 관세범의 체포유공자에 대한 포상 등을 규정하고 있다. 이 법률의 하위법령으로 <관세법시행령>(1998.2.)과 <관세법시행규칙>(1997.12.) 등이 있는데, 관세법은 물자의 수급을 조절하거나 다른 국가와의 관세협력 등을 위하여 일정한 기간을 정해 관세율을 높이거나 낮추는 것을 인정하여, 필요할 때마다 대통령령이 제정되고 있다.
관세법은 수출입 물품에 대하여 관세를 징수하기 위한 법률이므로 외국의 영향을 받지 않을 수 없다. 세계 각국은 국제협력을 강화하기 위하여 자유무역을 추구하고 있고, 우리 나라도 국제경제에서 차지하는 비중이 높아감에 따라 관세제도가 외국의 영향을 점차 많이 받고 있다.
1998년 12월 28일 법률 제5583호 관세법을 개정하였다. 이는 외국인투자유치를 원활히 하기 위하여 종합보세구역제도를 도입하는 등 보세제도를 개선하고, 기업의 생산성 향상을 도모하기 위하여 물품의 즉시반출제도를 신설하는 등 수출입 통관절차상의 편의를 증진하며, 기타 현행제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것이다.
그 주요골자는 다음과 같다. 첫째, 납세의무자가 신고납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달 납부된 경우에는 그 부족세액을 징수함과 아울러 가산세도 징수하여야 한다. 이 경우의 가산세는 부족세액의 100분의 10에서 100분의 20으로 상향조정하여 납세자의 성실신고를 유도한다(법 제17조의 4항 및 제137조 제5항).
둘째, 보세구역 안에서만 허용하던 보수작업을 보세구역 밖에서도 할 수 있도록 하고, 보세장치장에 반입된 물품의 장치기간은 6개월 범위 내에서 관세청장이 정하는 기간으로 하던 것을 1년 범위 내에서 정하도록 하며, 보세공장에 반입된 물품의 장치기간은 1년에서 보세공장 설영의 특허기간으로 하는 등 보세구역 이용자의 편의를 증진할 수 있도록 한다(법 제69조·제91조 및 제99조).
셋째, 일정한 지역을 보세구역으로 지정하여 동지역 입주업체로 하여금 외국물품상태에서 물품을 제조·보관·판매·전시 등을 할 수 있도록 하는 종합보세구역제도를 도입하고, 내수용 보세공장의 업종제한을 완화하는 등 외국인의 투자유치에 편의를 제공하도록 한다(법 제98조 제3항 및 제116조의 제3항 내지 제116조의 제11항).
넷째, 물품의 품명, 규격 등 간단한 사항만을 신고하고 물품을 반출·사용한 후 수입신고하는 즉시 반출한다(법 제143조의 제2항). 다섯째, 단순한 보고불이행 등의 경우 벌칙으로 처벌하던 것을 과태료로 전환하고 관세포탈죄의 경우 그 해의 물품을 몰수하던 것을 과세하도록 함으로써 국민의 부담을 경감한다.(법 제148조·제188조·제192조의 제2항 및 제198조).
여섯째, 관세청에 설치된 몰수품심사위원회를 폐지하고, 몰수 또는 국고귀속 전에 발생한 보관료 등을 세관장이 지급하도록 명시하여 몰수품처분제도의 합리화를 도모하는 등 관세제도를 합리적으로 개선한다(법 제242조의 제3항 및 제242조의 제4항 등).