국무원은 1948년 제정헌법 이래 제5차 개헌 전까지의 헌법기관으로서 대통령 또는 정부의 권한에 속하는 중요 정책을 의결, 관장하던 중앙행정기관이다. 대통령 또는 정부의 권한에 속하는 중요 정책을 의결, 관장하던 중앙행정기관이다. 국무원은 의장(대통령)과 부의장(국무총리)을 포함한 8인 이상 15인 이내의 국무위원으로 구성되었다. 제정헌법에서 국무원의 주요 업무는 국정, 대외정책, 헌법개정, 예산, 군사, 인사 등 거의 전 분야에 걸친 일이었다. 1962년 5·16군사정변 이후 내각(內閣)으로, 뒤이어 국무회의(國務會議)로 개칭되면서 대통령의 심의적 자문기관으로 변모하였다.
1948년의 제정헌법과 같은 해 7월 법률 제1호로 제정, 공포된 「정부조직법」에 따르면, 국무원은 대통령제 정부형태에서 대통령과 국무총리, 기타의 국무위원으로 조직되는 합의체로서, 대통령의 권한에 속한 중요국책을 의결하는 행정기관이었다.
당시 국무원의 조직을 보면, 의장인 대통령과 부의장인 국무총리를 포함한 8인 이상 15인 이내의 국무위원으로 구성되었으며, 회의의 의결방식은 재적의원 과반수를 원칙으로 하였고, 의장은 의결 표결권을 가졌으며, 가부 동수인 경우에 결정권을 가졌다.
제정헌법에서의 국무원의 주요 업무로는 ① 국정의 기본적 계획과 정책 ② 조약안 · 선전 · 강화 기타 중요한 대외정책에 관한 사항 ③ 헌법개정안 · 법률안 · 대통령안 ④ 예산안 · 결산안, 재정상의 긴급처분안, 예비비지출에 관한 사항.
⑤ 임시국회의 소집요구에 관한 사항 ⑥ 계엄안 · 해엄안 ⑦ 군사에 관한 중요 사항 ⑧ 영전수여 · 사면 · 감형 · 복권에 관한 사항 ⑨ 행정 각부간의 연락사항과 권한의 확정 ⑩ 정부에 제출 또는 회부된 청원의 심사.
⑪ 대법원 · 검찰총장 · 심계원장(審計院長) · 국립대학총장 · 대사 · 공사 · 국군총사령관 · 국군참모총장 기타 법률에 의하여 지정된 공무원과 중요국영기업의 관리자의 임면에 관한 사항 ⑫ 행정 각부의 중요한 정책의 수립과 운영에 관한 사항 ⑬ 기타 국무총리 · 국무위원이 제출하는 사항 등이 있다.
그 뒤 1955년 2월 「정부조직법」의 개정으로 국무원에 국무원의 서무에 관한 사무, 공무원 자격의 고시 · 전형 · 상훈에 관한 사무와 공무원의 복무 · 신분 · 보수에 관한 일반적 사무를 관리하는 기능을 가진 국무원사무국을 설치하였다.
아울러 국무원에 고시위원과 공무원고등전형위원을 두는 한편, 공무원의 임용 · 복무 · 신분과 보수에 관한 일반 정책을 심의하기 위하여 인사위원을 두었다. 그리고 수석국무위원(외무부장관)으로 하여금 국무원사무국을 지휘, 감독하게 하였으며, 수석국무위원 유고시 헌법상의 순위에 따라 다른 국무위원(내무부장관, 재무부장관, 법무부장관의 순위)이 그 권한을 대행하였다.
한편, 1960년의 제3차 개정헌법(제2공화국헌법)의 내각책임제 정부형태하에서는 행정권이 국무원에 속하였으며, 국무원사무국은 1960년 7월 「정부조직법개정법률」에 따라 국무원사무처로 승격되었다.
이 당시의 국무원은 의장인 국무총리와 국무위원 8인 이상 15인 이내로 구성, 운영되었고, 민의원에 대하여 책임을 졌다. 또한, 국무원은 민의원에서 국무원에 대한 불신임결의안을 가결할 때에는 10일 이내에 민의원해산을 의결하지 않는 한 총사퇴하여야 했으며, 민의원이 국무원의 조약비준에 대한 동의를 부결하거나 신년도 총예산안을 그 법정기일내에 의결하지 아니한 때에는 이를 국무원에 대한 불신임결의로 간주했다.
그리고 국무총리가 궐위되거나, 민의원의원 총선거 후 처음으로 민의원이 집회한 때에는 국무원은 총사직하였다. 제2공화국 당시의 국무원의 헌법상 주요 업무로는, 제정헌법 당시의 국무원의 내용과 대체로 같았으나 앞의 제3항의 대통령안이 국무원령안으로 바꾸어지고, 민의원 해산과 국무원총사직에 관한 사항, 정당해산에 관한 소추 등 2개 항목이 추가되었다.
그 뒤 1962년 5 · 16군사정변 이후의 「국가재건비상조치법」하에서는 ‘내각(內閣)’으로 개칭되었으며, 국가재건최고회의의 지시와 통제에서 제한된 행정권을 관장하였다. 1962년의 제5차 개정헌법(제3공화국헌법)의 대통령제 정부형태에서는 국무원이 ‘국무회의(國務會議)’로 개칭됨과 동시에 행정권의 최고행정기관인 대통령의 심의적 자문기관으로 변모하였다.