1973년 주1이 장충동으로 이전하여 개관하면서 극장 기능의 정립을 꾀하고 직업합창단의 본격적인 훈련을 위하여 주2 내에 창단되었다.
한국 합창음악의 전문성과 예술성을 추구하여 한국음악 발전에 기여하고자 하며, 이를 위해 가곡과 민요합창의 창작과 보급, 해외 연주를 통한 한국 음악 소개 및 교류, 지방순회연주를 통한 국내 합창 보급 등에 주력하고 있다.
창단 당시 극장장은 김창구, 지휘는 나영수, 반주는 지명신이었다. 창단 당시부터 우리나라 작곡가의 작품들을 공연하여 한국의 개성 있는 합창단으로의 성격을 확립시켰다.
단원은 음악대학 성악과 졸업자를 선발하여 합창단의 질적인 수준을 정착시켰다. 지휘자 나영수의 강한 한국적 발성을 토대로 한 성격 정립이 합창단의 특색이다. 창단 이래 연 2회의 정기공연과 오페라 출연 및 대학생 합창곡 발표회 등으로 합창음악의 창작 개발에 주력하였다.
초대 지휘자 나영수를 시작으로 배덕윤(2대), 나영수(3대), 오세종(4대), 염진섭(5대), 김명엽(6대), 나영수(7대), 이상훈(8대), 구천(9대) 등이 활동을 하였고, 2023년 현재 윤의중(10대, 11대)이 단장 겸 예술감독으로 활동을 하고 있다.
2000년 2월 1일 재단법인 국립합창단으로 개편되어 예술의 전당으로 자리를 옮긴 후 새로운 중흥기를 맞아 어린이합창단과 아마추어 성인합창단을 위한 아카데미를 개설하고 대중음악과 합창의 접목 및 해외공연을 통한 한국 합창음악의 소개 등 다양한 청사진을 제시하며 새로운 변신을 시도하고 있다.
창단 후 국립중앙극장의 전속 단체로 활동하면서 정기공연과 합창음악의 창작 및 개발에 진력하였다. 매년 수차례의 정기연주회와 기획연주, 지방연주, 특별연주, 해외연주, 외부출연, 공공행사 등 다양한 공연을 진행하고 있다.
1979년부터 국립합창단 초청공연을 하고 있으며, 특별공연으로 2005년에 광복 60주년 콘서트, 해외공연으로 2002년의 미국 달라스 공연을 비롯하여 2008년까지 러시아, 중국, 독일, 일본 등지에서 해외공연을 실시하였다. 2009년, 2011년, 2013년 독일 자를란트 국제뮤직페스티벌 초청연주회, 2017년 한국-카자흐스탄 수교 25주년 기념연주회에서 공연하였다. 2023년 50주년을 맞아 ‘창단 50주년 기념연주회’, ‘K-클래식 한류 사업의 미국 순회공연’, ‘여름합창축제’, ‘창작합창 컬렉션’ 등 다양한 기획 프로그램을 통해 합창음악 저변 확대에 기여하고 있다.
창작합창 음악의 활성화를 위한 방안으로 1979년부터 10년간 대학생 창작합창곡 발표회를 개최하여 수많은 창작합창곡을 선보였고, 한국 고유의 음악세계를 구축하고자 합창무용 연기 등을 종합화한 음악극 형태의 주3을 실험적으로 공연한 바 있다.
지휘자 겸 예술감독 아래, 부지휘자 겸 지도위원과 반주, 소프라노, 알토, 테너, 베이스 등의 파트에 50여 명의 단원이 활동하고 있고, 사무국장을 비롯한 3개의 행정팀이 있다. 현대 합창곡은 물론, 종교음악까지 폭넓은 주9를 보유하고 있으며, 다수의 합창 전문가와 성악가들을 배출하여 한국 음악의 발전에 공헌하고 있다.