1966년 전봉초는 이탈리아의 이무지치(I Musici) 실내합주단에서 힌트를 얻어 서울대학교 음악대학 출신만으로 단원을 구성하였다. 1975년까지 약 10년간 매년 2회의 정기공연을 가지고 17, 18세기 서구음악의 레퍼토리를 소개하는 한편, 김용진(金容振) 등 국내 작곡가의 작품도 초연하였다.
그뒤 1980년 새로운 리더로서 김민(金旻: 당시 KBS교향악단 악장)을 맞이해서 악단의 실질적 개편을 이룩하고, 과거 상징성에서 새로이 활동하는 악단으로 전환하여 국제적인 진출과 국내 악단의 선도적 단체로서 성장하였다.
김민 이후 바로크합주단의 단원이 KBS교향악단으로 교차되었고, 레퍼토리도 현대작품을 과감히 수용하여, 바르토크(Bartok,B.)·힌데미트(Hindemith, P.)·스트라빈스키(Stravinsky, I.F.)·강석희(姜碩熙)·서우석(徐佑錫) 등의 작품이 바로크의 고정적인 레퍼토리로 추가되었다.
서울바로크합주단은 바로크시대부터 현대에 이르기까지 다양한 레퍼터리를 선보이고 있으며 특히 서우석·김용진·강석희·나인용·백병동·이건용·서경선 등의 국내 창작위촉곡을 초연하였다. 또한 세계적인 솔로이스트 살바토레 아카르도(Salvatore Accardo), 크리스티아네 에딩거(Christiane Edinger), 레온 슈피러(Leon Spierer), 크리스토프 헨켈(Christoph Henkel) 등을 초청하여 협연하였다.
1990년에는 김영욱을 초청하여 모차르트 바이올린 협주곡 전5곡을 창단25주년 기념연주로 기획 연주하였고, 1992년부터는 실력있는 젊은 연주인을 발굴 소개하는 데뷰콘서트를 신설하였다. 1995년 2월 일본 사가현 아트페스티발 초청 공연, 6월에는 창단30주년 기념 공연을 통해 세번째 CD를 출반하였으며, 10월에는 세계 최대의 매니지먼트사 컬럼비아 아티스트와 손잡고 벌인 LA, 토론토, 워싱턴DC, 뉴욕 등 미국-캐나다 주요 9개도시 순회공연을 하였다. 한편 1997년 7월에는 독일, 이탈리아, 크로아티아 등 유럽 주요 9개 도시 순회공연을 가졌다.