1955년 8월 15일 서울시 종로구 관훈동에서 창설된 국방대학이 모체이다. 1999년 12월 31일 해체될 때까지 군의 고급장교와 행정기관의 고위공무원을 대상으로 국가안보와 관련된 교육을 실시하고 연구를 수행한 교육·연구기관이다. 2000년 국방대학교로 재창설되었다.
고급공무원과 군의 중견간부에게 군사와 비군사 분야의 통합·조정 능력을 배양시키는 것이 설립 목적이었다. 여기에는 국가안보의 핵심인 군의 편성과 기능을 이해하는 것은 물론 국가정책의 목표와 기획 등에 관한 지식을 습득시키는 것이 포함되었다.
6·25전쟁 중 군 고위당국자간에 국가방위에 관한 종합적인 교육기관의 설립 필요성을 논의한 것이 설립배경이다. 당시 군의 고위지도자들은 군사력뿐만이 아니라 정치·경제·사회·심리 등 다양한 분야에서 조직적으로 총력화 되어야만 현대전을 승리로 이끌 수 있다고 생각하였다. 따라서 군과 행정부 각 기관과의 상호 이해와 협력은 물론 군에서도 합동작전을 위한 육·해·공군간의 상호 이해와 협조가 필수적이라고 인식되었다. 국가적 차원의 국방교육기관 설립문제가 본격적으로 제기된 것은 1954년 12월 주한미군사고문단과의 공동연구에서 비롯되었으며, 1955년 4월 20일 미 제8군사령부와의 국방대학 창설에 관한 예비회의를 통해 구체화되었다. 이 회의에서는 한미 장교 6명으로 구성된 연구단의 미국 파견과 창설에 필요한 예산과 자재의 지원문제를 합의하였다. 국방부는 구체화된 연구보고서를 검토한 후 국방대학(National Defense College)의 창설을 결정하였다.
이에 따라 1955년 8월 15일 국방부의 일반명령으로 국방대학이 창설되었다. 창설 당시 위치는 서울시 종로구 관훈동이었으나, 1956년 3월 15일 은평구 수색동으로 이전하였다. 1956년 4월 2일 교수요원양성과정을 개설하여 8월 18일 제1기생을 졸업시켰으며, 같은 해 10월 5일 첫 정규교육과정을 시작하였다. 1957년 1월 14일 대통령령으로 국방대학이 국방연구원으로 개칭되었으며, 그 뒤 1961년 12월 31일 법률 제937호 「국방대학원 설치법」에 따라 국방연구원이 국방대학원으로 개칭되었다.
1963년 4월 18일 대학원 내에 합동참모대학이 창설되었으며, 1979년 2월 28일 교육과정을 국가안전보장과정으로 바꾸고 국방관리산업과정을 증설하는 한편, 국가안전보장문제연구소를 부설하였다. 1974년 12월 21일 군사전략기획과정이 병설되고, 이듬해인 1975년 3월 1일 합동참모대학이 해체되었다. 이로써 국방대학원은 3개의 정규과정의 교육체제를 갖추게 되었다. 1979년 12월 28일에는 3개 교육과정을 안보과정으로 통합하였으며, 국가안전보장학 석사과정을 신설하였다. 1980년 1월 국방관리단기과정 교육이 실시되었으며, 1981년 3월 9일에 경영관리과정이, 1983년 12월 31일에 국방과학 석사과정이 신설되었다. 1985년 3월 4일 국방관리단기과정이 국방직무과정으로 개편되었으며, 1990년 10월 10일 국방참모대학을 창설하였다. 1998년 국방개혁 5개년 계획에 따라 국방대학교 창설준비 기본계획이 수립되었으며, 이를 계기로 1999년 12월 국방대학원과 국방참모대학이 해체되고, 그 기능과 역할이 신설된 국방대학교로 이관되었다.
교육목표는 국내의 안보환경·국방관리 및 군사전략의 종합적인 연구를 통해 일반지휘 및 관리자로서의 국가안보에 관한 정책수립과 기획·집행의 능력향상에 두었다. 이 대학원은 국가안보역량의 구축·강화에 기여하는 안보학연구와 공무원 보수교육을 위한 특수교육기관으로서 군교육체계상 최고 학부인 동시에 고급공무원의 최고 연수기관의 성격을 지니고 있었다.
국방대학원은 1999년 12월 31일 대통령령 제16626호로 국방참모대학과 함께 해체되고, 그 기능과 역할이 신설된 국방대학교로 흡수되었다.
국방대학원은 민·관·군 학생간의 상호이해와 유대증진의 발원지 역할을 수행함으로써, 안보역량의 구축과 강화에 기여하였다.