갑오개혁 이후 1894년 7월 11일 군국기무처 의안으로 충훈부(忠勳府)를 개칭한 기공국을 의정부 안에 설치하여 관리의 규찰·상벌을 담당한 도찰원(都察院 : 의정부 소속)이 관리하도록 하였고, 주사 2인을 두었다.
그 해 7월 의정부 관제가 개편될 때 도찰원에서 독립, 국장 2인(의정부 좌·우찬성이 겸직), 주사 2인을 두게 되었다. 다시 1899년 7월 녹훈 이외에 표장(表章), 외국훈장의 수령·패용 등에 관한 업무가 새로 추가되면서 표훈원(表勳院)으로 승격, 독립하였다.