평양성 밖 기림리(箕林里) 기자묘 옆에 있었다. 광해군 때 사액(賜額)된 뒤로는 숭인전(崇仁殿)으로 불렀으나 기자전(箕子殿)으로 부르기도 하였다.
1102년(숙종 7) 정당문학 정문(鄭文)의 건의로 1107년에 처음 건립되었다. 이후 고려의 잡사(雜祀)에 포함되어 명종 때는 제사를 위한 토지 50결이 지급되었고, 공민왕 때는 두 차례에 걸쳐 수리되었다.
그 뒤 조선시대에는 숭유정책으로 기자가 존숭되면서 기자사도 더욱 중시되었는데, 세종 때에는 묘정비(廟庭碑)를 세우고 참봉 2인을 두어 관리하게 하였다. 1412년(태종 12)부터는 기자사에 단군을 함께 배향했는데, 1429년(세종 11) 인근에 단군사당을 별도로 지어 독립시켰다.
1612년(광해군 4) 기자사를 숭인전으로 고쳐 사액하고, 선우식(鮮于寔)을 기자의 후손이라 하여 숭인감(崇仁監, 정6품)에 임명해 그 직을 세습하게 하였다. 1627년(인조 5) 정묘호란 이후에는 평안감사가 선우씨 가운데서 추천해 임명하게 하였다. 그 뒤 1637년에는 없어진 묘정비를 다시 세우고 숙종·영조 때는 여러 차례 조신을 보내어 제사하였다.
이 건물은 정전(正殿)이 3가(架)로 이루어진 세칸, 동·서로 행랑이 각각 세개이며, 신문(神門)이 세개, 동·서로 좁은 문이 각각 하나이고 대문이 셋이었으며, 비각(碑閣)이 세칸으로 소문(小門)이 두 개 있었다.
평양의 기자사 외에도 평안도 용강현 황룡산성과 성천부 백령산(白嶺山)의 영전(影殿) 및 평양의 인현서원(仁賢書院)에서도 기자의 초상화를 봉안하고 제사하였다.