동경 126°00′, 북위 34°17′에 위치하며, 섬 동쪽 끝에서 하조도까지 0.3㎞ 떨어져 있다. 섬의 서쪽에는 관사도(觀沙島), 서남쪽에는 소마도(小馬島), 남쪽에는 모도(茅島), 남동쪽에는 소라배도(小羅拜島)가 있다. 면적은 0.99㎢이고, 해안선 길이는 5.5㎞이다.
섬의 모양이 고양이를 닮았다 하여 고양이를 일컫는 사투리인 ‘나비섬’, ‘나부섬’, ‘나배섬’, ‘나부도’ 등으로 부르다가, 1914년부터 나배도로 불리기 시작하였다.
지질은 대부분 산성화산암류로 형성되어 있으며, 경사가 완만한 구릉지(최고 높이 79.3m)로 이루어져 있다. 산줄기가 섬의 북쪽에서 동서로 이어지므로 남쪽에는 완경사지가 일부 분포한다. 해안은 사빈해안(沙濱海岸)이 대부분이고 남쪽 해안 일대에 비교적 큰 만입(灣入)이 발달해 있다. 섬의 서쪽 끝에는 물치끝이라는 새부리처럼 생긴 여(礖)가 있다.
1월 평균기온은 -0.6℃, 8월 평균기온은 22.4℃이고, 연강수량은 1,019㎜이다. 비 또는 안개와 흐린 날이 210여 일로 아주 많은 편이다.
1529년(중종 24)경부터 사람이 정착하기 시작하였다고 전한다. 2010년 기준으로 인구는 61명(남 28명, 여 33명)이 거주하고 있으며, 세대수는 44세대이다. 취락은 남쪽 해안의 선착장을 중심으로 모여 있다.
토지이용 현황은 논 0.02㎢, 밭 0.25㎢, 임야 0.64㎢이다. 주산업은 농업과 어업이다. 주요 농산물은 쌀과 보리를 비롯하여 감자·유채·두류·마늘·고추·무 등이 생산되었으나 현재 논 밭 농사는 짓지 않는다. 근해에는 좋은 어장이 형성되어 있어 장어 등이 잡히며, 미역과 전복 등도 채취한다.
인근 해역은 양식에 유리한 조건을 갖추고 있어 굴·바지락·고막·김·톳 등의 양식장이 발달해 있다. 특히 톳과 돌김이 나배도의 특산물로 잘 알려져 있다. 또 조기잡이를 할 때에 행하던 닻배놀이의 노랫가락이 전해오고 있다.