대한불교조계종 제17교구 본사인 금산사(金山寺)의 말사이다. 831년(흥덕왕 6) 진감(眞鑑)이 창건하였으며, 오랜 세월이 흐르면서 폐사가 되었다.
1592년(선조 25) 남원부사 윤공이 부임 차 남원으로 가던 중 이곳에서 자는데 꿈에 석불이 나타났다. 다음날 그 곳을 파보니 석조연화좌대 위에 있는 미륵불상이 나왔고, 석조거북과 오층석탑이 출토되었다. 이에 3칸의 법당을 중창하고 절 이름을 남원사라 하였다.
현존하는 당우로는 대웅전과 1984년 전라북도 문화재자료(현, 전북특별자치도 문화유산자료)로 지정된 미륵전, 산신각, 요사채 등이 있으며, 문화유산으로는 대웅전에 봉안된 석불좌상과 대웅전 앞의 다층석탑 1기가 있다.
석불좌상의 좌대는 중대석 각 면에 안상(眼像)을 조각하고 고사리무늬와 꽃봉오리무늬를 넣어 아름답게 꾸민 고려 중기의 작품으로 추정되고 있으며, 석불은 뒤에 새로 조성한 것으로 보인다.
다층석탑은 기단의 하부가 매몰된 상태로서 1층 탑신과 1층 옥개석까지는 원래의 것이고 그 이상의 것은 원형이 아니며, 조선시대의 작품으로 추정된다.