여러 종류의 대변선이 있었으나 훈련도감 산하의 것이 가장 많았다. 임진왜란중 1593년(선조 26)에 설치된 훈련도감에서는 유사시에 대비하여 강화도에 군선을 확보해두고 있었는데, 그것을 훈련도감대변선 또는 훈국대변선(訓局待變船)이라고도 하였다.
이들 대변선은 처음에는 겨울철에 강화에서 대변(待變)을 하고 여름철에는 그들의 급보(給保)와 군수(軍需)를 위하여 삼남지방에서 특별히 징수되는 삼수미(三手米)를 운반하던 것인데, 정조 연간에 주교사(舟橋司)가 발족한 이후 대변선은 징발되어 주교(舟橋) 작성에 참여하고, 조운에도 참여하여 운임을 받고 대동미를 대대적으로 운송하기에 이르렀다.
이밖에도 대변선으로는 강화유수 관할하에 강도대변선 40여척이 있고, 영종진(永宗鎭)에도 9월부터 2월까지 대변을 하고 3월부터 8월까지 어업에 종사하는 대변선 27척이 있었고, 안흥량(安興梁)에도 대변선 6척이 있었다. 그러나 이들은 조운(漕運)에 참여하지 않았다.
각종 대변선의 크기는 일정하지 않았지만, 훈련도감대변선의 크기는 수백 석을 적재할 수 있는 것이었으나, 점차로 커져서 1,000석을 실을 수 있는 일반 조선(漕船)과 같은 크기로 되었다.