대종교 시교사(施敎師)의 자격으로 만주에 건너가 포교활동을 하던 윤세복(尹世復)이 환인현(桓仁縣)에 동창학교(東昌學校), 무송현(撫松縣)에 백산학교(白山學校), 북만주의 밀산현 당벽진(密山縣當壁鎭)에 대흥학교(大興學校), 영안현 동경성(寧安縣東京城)에 대종학원(大倧學園)을 세워 운영한 것이 그 시작이다.
설립되자마자 만주 독립운동의 거점구실을 하다가 1920년 이른바 일본군의 경신토벌과 그 뒤의 계속적인 탄압으로 포교활동이 위축되면서 교육사업도 재개하지 못하였다.
1934년 3월하얼빈(哈爾濱)에 선도회(宣道會)의 설치를 시작으로 발해의 고도인 영안현 동경성에 총본사(總本司)를 이전하게 됨에 따라 1936년 3월 총본사 안에 대종학원이 설립되었다.
초등부·중등부와 여자야간부가 설치되었는데, 교과내용은 정규학교과정 이외 종경(倧經)과 한국사 과목이 강조되었다. 그러나 또다시 일제의 탄압을 받아 초등부는 1941년 봄에, 중등부와 여자야간부는 다음해 봄 폐지되고 말았지만, 광복 후 다시 복구하여 만주의 동포교육에 진력하였다.
1946년 총본사가 환국한 뒤 전통을 계승하기 위하여 힘쓰던 중, 1966년 1월 홍제동 총본사에 대종고등공민학교를 설립, 빈한한 청소년 중에서 종교적 이념을 구현할 인재를 양성하는 데 힘썼다. 그러나 중등교육정책에 따른 정부방침에 따라 1983년에 폐교되었다.