제1공화국 때에는 당시 이승만(李承晩)대통령의 국정수행이 내각과 직결되었으므로 대통령비서실이 존재하지 않았다. 1960년 제2공화국(대통령 尹潽善) 주로 의전상 필요에 따라 정식으로 대통령비서실이 설치되었다. 제1대 비서실장은 1960∼1962년 동안 이재항(李載沆)이 역임하였다.
그러나 제3공화국 출범후 박정희(朴正熙) 대통령의 국정운영이 비서진에 의존도가 높아져 대통령비서실의 국정간여가 비대해지자 1969년 정치비서체제에서 행정비서체제로 비서실기구 축소를 단행하기도 하였다. 그러나 대통령중심제 국가에서 대통령의 기능과 역할이 막중한 만큼 대통령비서실의 역할도 역대 정부에서 중요하게 자리매김해오고 있다.
비서실은 대통령의 비서와 기타 특명을 받은 기밀사항에 관한 사무를 관장하며, 실장은 대통령의 명을 받아 실무를 장리하며 소속공무원을 지휘, 감독한다.
현재 대통령비서실의 직제는 비서실장 이하 9명의 수석 비서관, 5명의 비서관으로 구성되어 있다. 수석 비서관은 국정기획수석, 정무수석, 민정수석, 외교안보수석, 홍보수석, 경제수석, 미래전략수석, 교육문화수석, 고용복지수석으로 구성되어 있으며, 비서관은 총무비서관, 제1부속비서관, 제2부속비서관, 의전비서관, 연설기록비서관으로 되어 있다. 이외에 인사지원팀이 별도로 있다.
장관 내지 차관급의 별정직공무원이 역임하는 수석비서관은 역대 정권에 따라 그 명칭의 변동이 있었으나 대통령의 정책입안과 결정을 실질적으로 보좌하는 책무를 맡아왔다.