대한예수교장로회 합동측 으로부터 1960년 8월 분리된 교단이다. 국제기독교연합회(ICCC)의 후원을 받아 성장한 교단으로 알려져 있다. 교단의 형성은 대한신학교를 운영할 재정지원을 얻고자 미 독립장로교선교회(IPM)와 협력관계를 맺으면서였다.
그 결과 이 선교회 선교사 말스버리(Malsbury, D. R.)와 김치선(金致善)·황하운(黃河雲)·최순직(崔順直)·김의창(金義昌) 등이 발기인이 되어 교단을 조직하였다. 그 뒤 국제기독교연합회의 후원을 받아 경기노회를 필두로 강원·경충·전라·경북·경서·경중·경남 노회 등이 창립되었고, 1961년 6월 대한신학교에서 제1차 총회를 열고 김치선을 총회장으로 선출하였다.
그러나 신학교 운영주도권을 둘러싸고 갈등을 겪으면서 1968년 4월 국제기독교연합회에 가입을 반대하는 황영도(黃永道)·김완섭(金完燮) 등이 교단을 탈퇴하고 대신 예수교장로회를 조직하였다.
그리하여 같은 해 7월박준걸(朴俊杰)을 총회장으로 선출, 교단을 재정비하였으며, 1979년 제12차 총회에서는 조영엽(曺永燁)이 총회장에 피선되었다. 교단 조직은 총회에 집행부로 10부와 감사 및 은급위원회를 두며 산하에 4개 노회가 구성되어 있다.
한국예수교협의회(KCCC)를 비롯, 국제기독교연합회·미독립장로교선교회 등과 협력관계를 맺고 있으며, 교단 산하에 교역자 양성기관인 신앙신학교(서울)를 비롯하여 신앙성서학원(춘천)·효신상업전수학교(춘천)·결운고등공민학교(홍천) 등을 운영하고 있다.
교회 수 100여 개, 교직자 150여 명, 신도 수 1만5000여 명이며, 소속교회의 50% 이상이 강원지역에 속하여 있다. 현재 서울특별시 동작구 흑석동에 본부를 두고 있다.