도사교 아래에 사교(司敎)들이 있으며, 때때로 특선사교(特選司敎)를 두기도 하였다. 북로군정서 총재 서일(徐一)이 대표적인 특선사교였다.
제1대 도사교는 나철(羅喆)이었으며, 제2대 도사교는 김교헌(金敎獻), 제3대 도사교는 윤세복(尹世復)이었다. 윤세복 도사교에 이르기까지 대종교의 종통은 선임 도사교가 직접 혹은 유언으로 계승자를 지명함으로써 이어졌다. 그러므로 역대 도사교는 최대의 권위를 갖고 교단 조직을 이끌어 갔다. 그러나 8·15광복 후 대종교 총본사가 만주에서 서울로 옮겨 오면서 대종교도 교단조직을 새로이 정비하고 새 환경에 적응할 준비를 하였다.
그 일환으로 제3대 도사교 윤세복은 1950년 어천절(御天節)을 기해서 제7회 교의회를 소집하였다. 제7회 교의회는 대종교의 교단 조직에 큰 변화를 가져다 주었다. 먼저 도통전수제(道統傳授制)에서 신권공화제(神權共和制)로 교의체제를 변경하였다. 그리고 이전의 경각(經閣:도사교가 사는 집)을 대일각(大一閣)으로 바꾸고, 도사교를 총전교(總典敎)로 바꿈으로써 대종교 총본사의 기구와 직제를 대폭 개정하였다.
그리하여 교단의 대표자인 총전교는 전교회의에서 선출하는 방식을 취하게 되었다. 그리고 총전교 아래에 대일각의 합의제로 운영되는 전교들을 두었다. 예전에 총본사의 업무를 전리(典理), 전범(典範), 전강(典講)이 총괄하고 찬리(贊理), 찬범(贊範), 찬강(贊講)이 보좌하던 방식에서, 전무(典務) 3인과 찬무(贊務) 3인이 직무를 분담하도록 하였다.
이와 같이 개정된 교단 조직체제에 따라 윤세복이 제1대 총전교에 선임됨으로써, 과거 도사교가 대종교 안의 교정 전반에 절대적 권한을 행사하던 것이 바뀌어, 행정(行政), 의회(議會), 도원(道園)으로 삼권(三權)이 분립되었다.
그 후 1963년에 열린 제12차 교의회에서 부전교제(副典敎制)를 신설하고 총전교를 보좌하도록 하여 오늘에 이르고 있다.