최우(崔瑀)가 몽고의 영향을 받아 편성한 것으로 보인다. 이에 대한 기록으로는 1229년(고종 16) 최우가 자기 집에 재추(宰樞)를 초청하여 구정(毬庭 : 격구하는 마당)에서 도방(都房)과 마별초의 격구(擊毬)·기사(騎射) 등을 관람하게 하였다는 것이 최초이다.
마별초는 그 명칭이 뜻하듯이 기병의 별초인데, 별초라 함은 가려뽑은 특별군대를 뜻하는 것이다. 최씨무인정권의 가병으로서 마별초의 편성은 그 호위체제의 큰 발전을 뜻한다.
최씨무인정권의 호위체제로 마별초가 편성되기 전에는 도방을 중심으로 한 보병이 주력이었으나, 마별초의 편성으로 기동력이 강한 기병을 갖추게 된 것이다. 마별초는 사열할 때 장니(障泥 : 마구의 하나)를 황금으로 장식하고, 말의 머리와 꼬리에 금엽나화(金葉羅花 : 금엽이 달린 비단으로 만든 조화)를 꽂았다고 한다.
이처럼 마별초는 단순한 기병만이 아니고 의장대의 구실도 하였음을 알 수 있어 최씨무인정권의 위세를 과시하는 데 큰 구실을 한 것으로 보인다.