본관은 반남(潘南). 자는 자룡(子龍), 호는 기재(寄齋)·오창(梧窓)·봉주(鳳洲). 박조년(朴兆年)의 증손으로, 할아버지는 사간 박소(朴紹)이고, 아버지는 대사헌 박응복(朴應福)이며, 어머니는 선산임씨(善山林氏)로 임구령(林九齡)의 딸이다.
1589년(선조 22) 진사시에 합격, 이듬해 증광 문과에 병과로 급제하고 승문원부정자로 등용되어 검열, 호조·병조의 좌랑 등을 역임하였다. 1592년 임진왜란 때 병조좌랑으로 왕을 의주로 호종(扈從)하였다.
중국어에 능통해 의주에 주재하는 동안 왕이 중국의 관원이나 장수들을 만날 때는 반드시 곁에서 시중해 대중 외교(對中外交)에 이바지했으며, 왕의 신임도 두터웠다. 이듬해 동부승지·좌승지를 거쳐 다시 도승지에 이르렀다.
1596년 이조참판으로 동지사(冬至使)가 되어 명나라에 다녀오고, 이듬해 정유재란 때는 왕비와 후궁 일행을 호위해 황해도 수안(遂安)에 진주, 민폐를 제거하고 주민들의 생활을 살폈다. 이어 연안부사·경기도관찰사·강원도관찰사 등을 역임하면서도 전란 뒤의 민생 회복에 힘을 기울였다.
1604년 호성공신(扈聖功臣) 2등으로 금계군(錦溪君)에 책봉되고 호조판서에 임명되었다. 1608년 선조가 죽자 수릉관(守陵官)으로 3년간 수묘(守墓)하고, 1611년(광해군 3) 판의금부사가 되었다. 그런데 일찍이 선조 때부터 한응인(韓應寅)·유영경(柳永慶)·서성(徐渻)·신흠(申欽)·허성(許筬)·한준겸(韓浚謙)과 함께 영창대군을 잘 보호하라는 부탁을 받은 이른바 유교 7신의 한 사람으로서 대북파(大北派)의 질시 대상이 되었다.
1612년 추관(推官)으로 있을 때, 김직재 무옥사건(金直哉誣獄事件)이 일어나자 무고임을 알고 연루자들을 용서하려다가 더욱 미움을 받아, 그 뒤 자주 탄핵을 당해 문외출송(門外黜送)되었다. 곧 풀려나와 복관되었으나 이듬해 계축옥사 때 모반 혐의로 심문을 받다가 혐의가 희박해 극형은 받지 않았다. 그런데 이때 반역 관계는 극구부인하면서 선조가 죽을 당시 인목대비(仁穆大妃)의 사주로 궁녀들이 유릉(裕陵: 의인왕후의 능)에 저주한 사실은 시인하는 태도를 취하였다.
1623년 인조반정이 일어나자 유릉 저주 사건이 무고임을 알면서도 시인해서 인목대비로 하여금 유폐 생활의 곤욕을 치르게 한 죄로 부안에 유배되었다. 4년 뒤 다시 충원으로 옮겨지고, 1632년(인조 10)에 석방되어 고향으로 돌아왔다.
뒤에 아들 박미(朴瀰)와 박의(朴漪)의 상언(上言)으로 복관되고, 좌의정에 추증되었다. 김상용(金尙容)·김상헌(金尙憲) 형제와 친교가 두터웠다. 저서로는 『기재사초(寄齋史草)』·『기재잡기(寄齋雜記)』·『방일유고(放逸遺稿)』 등이 있다. 시호는 충익(忠翼)이다.