일제는 러일전쟁을 일으키는 동시에 한국에 대한 군사침략을 감행하였는 바 1904년 8월 23일 군제이정소를 설치하게 하여 군사관계의 제도를 일제의 의도대로 뜯어고치도록 사주하였다.
한 달 뒤인 9월 24일 국방·군사관계 법령 18개가 공포되었고 배종무관부도 이 때 새로이 설치되었다. 처음 설치되었을 때의 명칭은 동궁배종무관부(東宮陪從武官府)로 동궁배종무관장 1인, 동궁배종무관 8인, 서기 7인을 두도록 되어 있었다.
임무는 황태자에게 군사에 관한 사항을 보고하고 황태자의 지시내용을 받들어 시행하며 군사관계 명령을 전달하는 것이었다. 또한 황태자가 군사훈련을 참관할 때나 기타 군무·제사·의식·연회 등에 참석할 때 호위하도록 되어 있었다.
동궁배종무관부는 1907년 8월 22일 황태자궁배종무관부로 바뀌었는데 임무는 똑같고 다만 관리의 정원에 차이를 보였다. 황태자궁배종무관부는 배종무관장 1인, 배종무관 2인, 서기랑 3인을 두도록 되어 있었다.
배종무관부는 일제의 군사침략으로 인하여 1899년 설치된 원수부가 유명무실해지는 과정에서 원수부의 기능 중 일부를 따로 떼어낸 것이며 시강원(侍講院)의 임무 중 배종의 기능을 따로 독립시켜 만들었다. 그리고 황태자를 분리, 고립시키고 일제의 감시 아래 놓아두려는 의도에서 구상, 설치된 것으로 추측된다.