1858년(철종 9) 전라좌도수군절도사를 거쳐, 1861년 경상우도병마절도사로 부임하여 1년도 못 되는 기간에 6개 조목에 걸쳐 불법수탈로 사취(私取)한 쌀이 약 1만 5000석(4만 5000냥 상당)이 되었다.
그 밖에 진주목(晉州牧)의 농민에게 도결(都結: 지방관리가 공전이나 군포를 사취하고 이를 보완하기 위하여 결세를 정액 이상 받아내는 것) 총 2만 8000여 석과 환포(還逋: 지방관리가 환곡의 분급·수납 과정에서 불법으로 이익을 취하는 것) 총 2만 4000여 석을 합한 쌀 5만 2000여 석(15만 6000여 냥 상당)을 일시에 분납, 상납하도록 강요하였다.
이에 격분한 유계춘(柳繼春)·김수만(金守滿)·이귀재(李貴才) 등이 민중을 모아 1862년 2월 18일에 봉기하였다. 이것이 곧 진주민란으로, 백낙신의 불법수탈이 원인이 되어 일어나게 되었으며, 당시 전국 30여 개 지방에서 일어난 임술민란의 도화선이 되었다.
이에 조정에서는 진주안핵사 박규수(朴珪壽)와 경상우도암행어사 이인명(李寅命) 등의 계청에 따라 백낙신을 전라도 강진현 고금도(古今島)에 귀양보내고, 재산은 몰수하였다. 1863년 7월 전리(田里)로 방축되었다가, 1865년(고종 2)에 풀려났다.
이듬해 영종진첨절제사(永宗鎭僉節制使)로 강임되어 부임, 병인양요가 일어나자 경기중군(京畿中軍)을 겸하여 영종진과 행주(幸州)를 지켰다. 그 뒤 1877년 평안도병마절도사가 되었으나 1885년 기한이 지나도 오지 않은 죄로 다시 귀양 갔다.