『세종실록』 지리지에 나타나는데, 여기에는 별선 외에도 추왜별선(追倭別船)·왜별선(倭別船) 등이 있다.
여말 선초에 창궐한 왜구를 진압하기 위하여 조선왕조는 그 초기부터 군선을 대대적으로 증강하여 왜구의 섬멸을 도모하였는데, 『세종실록』 지리지에 기록되어 있는 군선의 종류는 대선(大船)·중대선(中大船)·중선(中船)·병선(兵船)·쾌선(快船)·별선·맹선(猛船)·중맹선(中猛船)·무군선(無軍船)·선(船)·추왜별맹선·추왜별선·왜별선 등 13종이다.
그 가운데 기간선종(基幹船種)은 대선 7척, 중대선 17척, 중선 103척이며, 중선의 승선인원은 대체로 30명 내외이다. 별선은 충청도에 4척, 전라도에 40척 등 모두 44척이고, 크기는 중선과 동일하며 승선인원은 중선보다 약간 적은 특수선이다.
추왜별맹선과 추왜별선은 왜구를 추격하는 별도 규식의 특수선이지만, 그 기능에 관하여는 밝혀진 바가 없고, 다만 그것들 중의 하나는 거북선과 같은 특수선일 가능성이 있다고 여겨진다.
왜별선은 경기도의 우도수군첨절제사영(右道水軍僉節制使營)에 1척이 있을 뿐인데, 이것은 일본 해적의 배를 1척 포획하여 견본으로 둔 것이 아니면, 일본 해적선처럼 만들어 수군의 연습 때에 사용한 것으로 보인다. 별선의 구조와 선형은 일정한 것이 없고, 여느 군선의 구조를 약간 변경한 것으로 보인다.