1949년 3월 「정부조직법」 개정으로 보건국이 보건부로 승격, 분리되었다가 그 뒤 1955년 2월 다시 법개정으로 보건사회부로 흡수, 통합되었다.
설치 당시의 직제는 장관과 차관 밑에 차관보 1인을 둘 수 있게 하였고, 비서실·보건국·후생국·노동국·주택국 및 부녀국을 두고, 국장은 이사관 또는 기감으로 보하게 되어 있었다.
비서실에는 총무과·경리과·감사과를 두었으며, 보건국에는 보건과·의무과·약무과·방역과·한방과·간호사업과, 후생국에는 후생과·구호과·시설과, 노동국은 노정과·직업과·복리과·조정과를 두었다. 또, 주택국은 기획과·건축과·자재과·배분과를 두고, 부녀국은 지도과·보호과를 두고 있었다.