국가기록원은 국가의 공식 문서를 포함하여 인쇄물·서적·지적도·계획서·도안·사진·마이크로필름·영사필름·녹음기록·정부행정자료, 기타 중요한 기록물들을 관리하고 있다. 조선시대에는 홍문관·춘추관·승문원 등이 이러한 직무를 맡았던 기관이라 할 수 있다.
1962년 5월 내각사무처 총무과 문서촬영실을 개설하여, 정부주요기록물에 대한 M/F촬영을 개시하면서 한국의 기록보존 역사가 계승되었다.
이어 1969년 8월 총무처 소속으로 정부기록보존소를 설립하여 정부의 영구보존대상 문서, 도면, 카드 등을 집중적으로 보존관리 하게 되었다.
한편, 1984년에는 부산광역시 금정산 기슭에 현대적 보존시설을 갖춘 정부기록보존소 부산지소를 열어 조선시대 사고의 전통을 계승하였다.
그 뒤 1998년 2월 정부조직 개편에 따라 총무처에서 행정자치부로 소속이 변경됨에 따라 행정자치부 소속이 되었다. 1998년 7월에는 정부대전청사로 본소를 이전하여 전산장비, 시청각기록물 보존서고를 확보하였고, 구 서울 본소에는 서울사무소를 개소하였다.
이어 1999년 1월에는 국가전반의 기록물을 체계적으로 관리할 수 있는 기본법인 「공공기관의 기록물관리에 관한 법」을 제정하여 단절된 기록전통을 현대적으로 복원하는 전기를 마련하기에 이르렀다.
2017년 정부조직 개편에 따라 행정자치부는 행정안전부로 바뀌었다. 행정안전부 장관 소속하에 있는 이 기관은 이사관 또는 부이사관급의 원장 밑에 행정과·수집과·보존과를 두고 있다. 행정과는 인사·서무·문서 및 관인의 관리,예산·회계·물품 및 재산관리, 지정기록물 처분신고관련 과태료의 체납처분, 기타 소내 다른 과의 업무에 속하지 아니하는 사항들을 맡고 있다.
즉, 기록물관리에 관한 기본정책의 결정 및 제도의 개선, 국가기록물관리위원회의 운영, 업무기획및 심사평가, 국내·외 기록보존 관련기관과의 교류 협력, 기록물관리 전문교육과정의 운영, 공공기관의 기록물관리 지도·감독, 기록물관리 인터넷홈페이지의 운영 및 홍보, 열람실 및 정부행정자료실의 운영 등이 그것이다.
그리고 수집과의 주요업무는 국가기록물로의 지정관리, 역사기록물수집, 수집계획표 관리·인수실 운영, 비밀기록물 관리, 기록물목록 등록실 운영, 목록표준화·간행물수집·등록, 지적원도 관리, 대통령기록물·시청각기록물·행정박물 관리, 표준평가표 작성, 주제어선정, 평가실 운영, 분류기준표 관리, 총독부문서 정리, 전시관 운영 등이다.
보존과의 주요업무는 각종 기록물관리용 S/W용역개발과 기록물관리 전산시스템 및 네트워크 유지의 관리, 각종 기록물 전산입력 및 M/F 촬영 추진, 전산실 입력실 M/F 촬영실, 제본실의 관리, 보존기록물의 서가 배치, 기록물의 정수 및 상태점검, 서고내 부대설비 관리, 보존용 기록매체 및 보존용품의 표준화와 기록물 상태평가 및 수복·복제 작업의 추진, 기록물의 최적 보존환경 설정 및 보존처리 기술개발, 보존처리 장비 및 기술개발, 시청각록물 보존관리 및 전산입력 추진, 보존연구실, 시청각기록물 작업실, 소독실 및 서고관리 등이다.
한편, 대전광역시의 본소 외에 서울특별시에 서울기록정보센터, 광주광역시에 광주기록정보센터, 성남시에 나라기록관, 부산광역시에 역사기록관을 두고 있다. 원장은 서기관 또는 사서서기관으로 보하고, 있다. 원장은 필요하다고 인정할 때에는 학식과 경험이 풍부한 자 중에서 5인이내의 전문위원을 위촉할 수 있다.
2018년 현재 국가기록원은 기록정책부, 기록관리부 및 기록서비스부를 하부조직으로 두고 대통령기록관, 서울기록관, 부산기록관 및 대전기록관을 소속으로 두고 있다.