1964년 8월에 창단된 합창단으로, 단원은 초등학교 2학년부터 고등학교 1학년 학생으로 구성되어 있으며, “노래는 맛있게, 표정은 밝게, 마음은 즐겁게”라는 표어 아래 국내외에서 활발히 활동하고 있다.
어린이들의 합창음악, 합창단원 교육 및 자질향상, 한국 동요의 소개와 보급을 목표로 설립되었다.
처음 명칭은 ‘서울시립소년소녀합창단’으로 출발하여 서울특별시 직할 합창단이었으나 1978년 4월 세종문화회관 예술단체 소속으로 되었으며, 1999년 7월 현재의 명칭으로 변경되었다. 초대 지휘자는 백천웅, 제2대 지휘자는 김명엽, 제3대 지휘자에 초대 백천웅 지휘자가 다시 부임했다가, 2006년 2월 현 원학연 제4대 단장이 부임하여 합창단을 이끌고 있다.
창단 이래 정기연주회, 임시 지방순회공연, 해외공연, 방송 및 TV 출연 등 활발한 활동을 하고 있다. 연주곡목도 고전에서 현대에 이르는 합창음악은 물론, 국내외 동요와 민요, 미사곡 등 다양한 전문합창단의 레퍼토리를 다루고 있으며, 판소리와 탈춤도 선보이고 있다. 해외공연은 일본 순회공연을 시작으로 1983년 타이완 타이베이를 순방공연하였고, 1984년에는 미국 순회공연, 1991년에는 유고 순회공연을 개최하였다.
일반적인 공연 이외에도 이수인의 동요걸작모음, 윤용하 동화걸작모음 등 특별프로그램을 기획, 연주하였으며, 서울시립오페라단 창단 이후에는 오페라 「나부코」 및 「앙드레아 셰니에」 등에도 함께 출연하였다. 특히 바흐와 헨델 탄생 300주년을 기념한 공연에서 메시아 전곡을 연주한 것은 우리나라 소년 소녀합창단의 연주에서 최초로 기록되기도 하였다.
최근에는 2008년에 헝가리 세계음악축제에 참가하였고, 2009년에는 체코 프라하 방송교향악단 협연, 하이든 서거 200주년 기념연주회를 개최하였다.
단장 아래 부지휘자, 정반주자, 안무코치, 총무, 홍보, 행정 등의 스태프가 있고, 100여명의 소년소녀 단원이 참여하고 있다. 각종 공연을 통해 한국 동요와 민요를 소개하고 보급하는 데 많은 공헌을 하여 국위를 선양하고 있다.