설치 초기에 양현고의 관원으로 병과권무(丙科權務)인 판관(判官)을 두었다가 1243년(고종 30)에 4명을 더 두었다. 그 가운데 2명은 양현고 소속 토지가 있는 곳에 파견하여 농사를 권장하고 조세를 거두어 수송하게 하였으며, 다른 2명은 양현고에 있으면서 이를 관리하도록 하였다. 판관에 대해서는 연말에 국자감에서 부지런함과 게으름을 고과하여 관직을 올리거나 내리게 하였다.
고려 후기 고갈된 양현고 재정의 확충을 위해 1304년(충렬왕 30) 5월에 안향(安珦)의 건의로 여러 관원들에게 은(銀)과 포(布)를 내게 하고 임금도 내고(內庫)의 돈과 곡식을 내놓아 섬학전(贍學錢)을 조성하였다. 1363년(공민왕 12)에는 토호들에게 겸병당한 토지와 노비를 회수하여 섬학전에 충당하라는 조서가 내려지기도 하였다.
조선시대의 양현고는 1398년(태조 7) 한양 성균관의 곁에 건립되었으며, 1592년(선조 25) 임진왜란으로 불탔다가 1626년(인조 4)에 다시 지어졌다. 양현고는 성균관 유생에게 제공되는 쌀과 콩을 비롯한 주1 물품을 호조(戶曹)에서 받아와 공급하는 역할을 하였다. 참고로 조선시대 성균관의 양사(養士) 인원은 국초에 200명이었다가 1742년(영조 18)에 유생[생원, 진사] 100명, 기재생(寄齋生) 20명, 장의 2명, 색장 4명 등 126명으로 정해졌다.
양현고의 주된 재원은 성균관의 학전 400결과 노비들인데, 1687년(숙종 13)에는 연산(連山)과 남포(藍浦)의 전세미(田稅米) 각 100석을 양현고에 직접 들여와 어채(魚菜)를 구입하는 비용으로 쓰게 하였다. 조선 후기에는 성균관의 노비들이 바치는 공물을 세입(歲入)으로 하는 서벽(西壁)이 있어 유생들에게 지필묵과 별공(別供), 별미(別味), 과장(科場)의 시지(試紙) 등을 공급하는 역할을 하였다.
양현고의 관원으로 조선 초에는 판관 2명을 두었다가 1412년(태종 12)에 사(使) · 승(丞) · 녹사(錄事) 1명씩을 두고 성균관의 주부(主簿) · 박사(博士) · 학유(學喩)가 겸직하게 하였다. 뒤에 양현고의 관원으로 주부(主簿, 종6품) 1명, 직장(直長, 종7품) 1명, 봉사(奉事, 종8품) 1명을 두어 성균관의 전적(典籍) · 박사(博士) · 학정(學正)이 겸임하게 하였는데, 1506년(연산군 12)에는 겸직을 없애고 실관을 두기도 하였다. 조선시대 양현고의 이서(吏胥)로는 서리(書吏) 4명이 있어 성균관의 서리가 번갈아 맡았고, 도예(徒隷)로는 사령(使令) 1명과 행단직(杏壇直) 1명이 있었다.
고려 전기에 설치되어 개항기까지 유지된 양현고는 국자감과 성균관의 거재 유생 숙식 지원과 학용 물품 조달을 담당하는 교육재정 지원 기구로 기능하였다. 양현고를 본받아 지방에서도 작성고(作成庫)나 섬학고(贍學庫)라는 이름의 교육재정 지원 기구가 운영되기도 하였다. 개성 성균관의 경우 예외적으로 '양현고'라는 이름을 사용하였다.