여자보학원은 1907년 봄에 양규의숙(養閨義塾)의 설립 발기인들이 조직한 여자교육회의 부속학교이다. 여자교육회가 3,000여 원의 부채로 부실해짐에 따라 윤치오(尹致旿)등 사회유지 11명이 여자교육회에서 이를 독립시켜 운영하게 하기 위하여 여자보학원유지회를 발기, 조직하였다.
발기 당시 임시회장으로 윤치오가 선출되었으며, 임시서기 이달원(李達遠), 규칙위원 최재학(崔在學). 강윤희(姜玧熙), 통치위원에 강윤희. 이기영이 선출되었다.
그러나 여자보학원 유지회는 유지들의 의연금에 의하여 운영되는 만큼 독립적인 경영, 유지가 어려웠다. 또 여자보학원을 위한 수천원의 의연금이 답지하자 여자교육회와 강윤희 사이에 의연금을 중심으로 한 보학원 귀속문제가 불거졌으며, 한동안 싸움이 치열해졌다. 이에 1908년 6월에 여자보학원의 원장이던 강윤희(姜玧熙) 등 일단의 부인들과 유지자들이 여자보학원에서 완전히 분립된 새로운 여학교 양원여학교(養源女學校)를 설립하고, 그해 9월 초에 보학원 유지를 위한 새 보학원유지회가 재조직되었다. 이와 같이 여자보학원유지회가 조직됨으로써 여자보학원의 운영이 정상화될 수 있게 되었다.
여자보학원은 1909년 2월에 여자 보명학교(輔明學校)와 통합되어 1910년도까지 존속되었다.
여자보학원은 수업연한이 3년이고, 교과목은 1학년의 교과목이 국문·한문·산술·소학(小學)·창가·체조이고, 2학년의 교과목은 영어·산술·한문·국어·독본·윤리·창가·체조이며, 3학년의 교과목은 영어·산술·지지·윤리·한문·국어·독본·작문·습자·창가·체조 등이었다.
여자보학원의 임직원을 보면 원장에 강윤희(姜玧熙), 원감에 이석영(李錫永), 학감에 최재학(崔在學), 감독에 김운곡(金雲谷), 유홍자(劉洪子), 간사장에 유성화, 간사원에 김세용·고준상·정하자, 교사에 김기동(金基東)·이기영(李基寧)·황삼현(黃三顯)·김재익(金在益) 등이었다.