1979년 전라북도(현, 전북특별자치도) 기념물로 지정되었다. 636년(백제 무왕 37)영은조사(靈隱祖師)가 50동의 큰 절을 지었고, 1098년(고려 숙종 3)행안선사(行安禪師)가 전각당우를 새로 중창하였다고 하였을 뿐, 그동안의 연혁이 밝혀지지 않고 있다.
그 뒤 1567년(명종 22)희묵대사(希默大師)가 법당과 요사를 수축하고, 1639년(인조 17)부용대사가 사우를 중창하고 불상을 도금하였으며, 1779년(정조 3)영운대사가 대웅전 · 시왕전을 중수하고 명부전을 신축하였다.
그러나 6·25 때인 1951년 전소되었다. 그뒤 1957년 요사, 1958년에 대웅전을 중건하였고, 1973년 일주문, 1975년에는 명부전, 1978년에는 정혜루를 복원하고 사천왕문을 새로 세웠다. 1979년에는 인도로부터 석가모니의 진신사리를 봉안하기도 하였다.
조선 성종 때의 문신 성임(成任)의 〈정혜루기〉에 의하면, 영은사는 고려 말엽 지엄선사(智嚴禪師)의 개산(開山)에서 비롯되었다고 기록하고 있어, 영은사의 개산 시기를 밝히는 데 고증자료가 되고 있다.
또한 영은사에는 유명한 정혜루가 있었는데 정혜루는 영은사의 문루로서 사세가 한창 번성할 때 세워진 것으로 추정된다. 이것은 1467년(세조 12)에 시작하여 다음해 준공된 3칸의 문루로서 그 규모나 제작이 장엄하고 화려했음을 밝히고 있다.