본관은 파평(坡平). 자는 언성(彦聖). 파산부원군(坡山府院君) 윤지임(尹之任)의 증손으로, 할아버지는 윤원필(尹元弼)이다. 아버지는 천안군수 윤회(尹繪)이며, 어머니는 이공의(李公毅)의 딸이다.
1588년(선조 21) 생원시에 1등으로 합격한 뒤, 1591년 왕자사부(王子師傅)가 되고, 1596년 홍산현감(鴻山縣監)이 되었다. 이 때 이몽학(李夢鶴)이 홍산에서 가토[加藤淸正]가 다시 침입해온다는 허망한 요설을 퍼뜨려 승속(僧俗) 수백명을 모아 반란을 일으켰는데, 현감으로서 사로잡히게 되었다. 이로 인하여 역적에게 굴종하였다는 죄로 의금부에 투옥되고 파직되었다.
1608년 광해군이 즉위하자 과거에 사부였던 인연으로, 군신의 반대에도 불구하고 삼가현령(三嘉縣令)에 제수되었다. 1616년(광해군 8) 의빈부도사(儀賓府都事)를 거쳐 상의원주부(尙衣院主簿)·개성부도사(開城府都事) 등을 역임하였다.