본관은 여주(驪州). 자는 자용(子容), 호는 농재(聾齋). 경주 출신. 아버지는 영의정에 증직된 이번(李蕃)이며, 어머니는 경주손씨(慶州孫氏)로 계천군(鷄川君) 손소(孫召)의 딸이다. 대학자인 형 이언적(李彦迪)에게 글을 배웠다.
시끄러운 세상에 뜻을 두지 말고 귀먹은듯 살아가라는 현인의 가르침에 따라 농재라 자호하였다. 효성이 지극하고 학문으로 이름이 높았다. 1545년(인종 1) 학행으로 추천되어 경기전참봉(慶基殿參奉)에 임명되고, 이듬 해 주부로 승진되었으나 부임하지 않았다.
1547년(명종 2) 송라도(松蘿道)의 찰방이 되었는데, 관할 역민의 부역을 경감하고 세금을 공정하게 징수하는 등의 선정을 베풀어 주민들이 송덕비를 세워 덕을 기렸다. 형 이언적이 윤원형(尹元衡) 일파에 몰려 북청에 유배되자 이언적의 억울함을 호소하는 상소문을 지어 윤원형의 전횡을 규탄하였다.
성리학과 경전에 밝았고, 후진의 교육에 힘을 기울였다. 사헌부 지평(持平)에 증직되었고, 고종 때 사헌부 대사헌(大司憲) 겸 성균관 좨주(祭酒)에 가증되었다. 경주의 덕계사(德溪祠)와 덕연사(德淵祠)에 제향되었다. 저서로는 『농재집(聾齋集)』이 있다.