품계는 정6품이다. 정원은 1인이다. 1466년(세조 12) 1월에 종래의 상림원(上林園)을 장원서로 개편하면서 처음 두었다.
장원서의 수석 관원으로서 궁중의 정원 관리와 과수·화초 등을 재배하는 일을 담당하였다. 또 각 지방에서 궁중용·제사용·손님접대용으로 진상되는 과일을 비축, 관리하는 일도 맡아보았다.
그 아래 별제(別提) 2인, 봉사(奉事) 1인 및 다수의 내시별감들을 거느리고 있었다. 그러나 조선 중기 이후에는 장원이 폐지되고 별제가 책임관원이 되었다.