1960년 7월 내각책임제의 실시에 따라 개정된 <정부조직법>에서는 각부에 정무차관 1인과 사무차관 1인을 두어 정무차관은 장관을 보좌하며 정책과 기획의 수립에 참가하여 정무를 처리하되 국무의원을 겸할 수 있게 하였다.
그리고 사무차관은 장관을 보좌하며 그 부의 사무를 처리하며, 소속 공무원을 지휘·감독하되 국무의원이 총사퇴하는 경우 정무차관은 장관과 같이 퇴직하고, 사무차관이 행정의 계속성을 보장할 수 있게 하였다.
그러나 정무장관과 사무차관을 각각 1인씩 두는 제도는 1961년 5·16으로 중단되고 1961년 <정부조직법> 개정으로 차관 1인을 두게 하였다.