대한불교조계종 직할교구 본사인 조계사(曹溪寺)의 말사이다.
639년(선덕여왕 8) 회정대사(懷正大師)가 창건하였다. 회정은 마니산의 참성단(塹星壇)을 참배한 뒤 그 동쪽의 지형을 보고 불제자가 가히 삼매정수(三昧精修)할 수 있는 곳이라 판단하고 절을 창건하였다. 그 뒤 1426년(세종 8) 함허화상(涵虛和尙)이 중창하였으며, 중창한 뒤 함허는 법당 서쪽에서 맑은 물을 발견하고 절 이름을 정수사로 바꾸었다고 한다. 1848년(헌종 14) 비구니 법진(法眞)과 만흥(萬興)이 법당을 증수하였고, 1878년(고종 15) 비구니 계흔(戒欣)이 그의 제자 성수(性修) 등과 불상을 개금한 뒤 칠성(七星) · 독성(獨聖) · 산신탱화(山神幀畵) 등을 봉안하였다. 1883년 비구니 근훈(根訓)이 중수하였고, 1888년 정일(淨一)이 연오(演悟)의 시주를 얻어 관음상 1위와 후불탱화를 조성하였다. 1903년 정일이 산령각(山靈閣)을 중건하였고, 1905년 법당을 중수하였으며, 1916년 불상을 개금하고 각단의 탱화를 봉안하였다. 1937년 주지 김선영(金善英)이 대웅전을 당국의 보호건물로 편입시켰다.
당시 이 절의 당우로는 대웅전 · 산령각 · 대방 · 노전(爐殿) · 요사채 등이 있었으나, 현존 당우는 1963년 보물로 지정된 대웅보전과 산신각 · 요사채만이 있다. 현존하는 문화유산으로는 아미타불을 비롯한 불상 4위와 1851년에 조성한 현왕탱(現王幀)을 비롯한 탱화 7점, 『법화경』과 『은중경(恩重經)』, 함허대사부도(涵虛大師浮屠) 1기, 중종(中鐘) 1구 등이 있다.