대한불교조계종 제7교구 본사인 수덕사(修德寺)의 말사이다.
본사인 수덕사와 함께 599년(법왕 1) 지명법사(智明法師)가 창건하였으며, 창건 이후 많은 고승대덕들이 수도한 곳이나, 중창 및 중수의 역사는 거의 전해지지 않고 있다. 다만, 1930년 만공선사(滿空禪師)가 중수한 이후 사세(寺勢)가 크게 확장되었다. 그가 이 절 선원(禪院)의 조실이 된 이래 문하에 100여 명의 승니(僧尼)가 따랐고, 현대의 불교계를 움직인 고승들을 배출하였다.
현존하는 당우로는 관음전을 비롯하여 수도본전(修道本殿)인 능인선원(能仁禪院)·산신각·불유각(佛乳閣)·주지실·요사 등이 있으며, 그 중에도 정혜사의 현판이 걸려 있는 선원은 고색과 무게를 갖춘 당우이다. 또한, 깨끗한 정원의 구석에는 바위가 있고 그 위에 작은 2기의 석탑이 나란히 서 있어 쌍탑(雙塔) 또는 남매탑(男妹塔)이라고 하나 유래 및 연대 등은 알 수 없다.