중소기업의 현장애로 해소 및 규제 완화, 중소기업육성을 위한 시책의 수립 및 추진, 관계기관의 중소기업시책 추진상황에 대한 점검·확인 및 평가, <중소기업기본법> 제20조의 규정에 의하여 정부가 수립하여 국회에 제출하는 중소기업시책, 중소기업육성을 위하여 대통령이 부의하는 사항, 그리고 이러한 사항들의 이행방안을 심의·조정하기 위하여 1998년 2월에 설립하였다.
위원장 1인과 당연직 위원 11인을 포함한 21인 이내의 위원으로 구성되었다. 위원장과 당연직 위원이 아닌 위원은 중소기업에 관한 학식과 경험이 풍부한 자 중에서 대통령이 위촉하였으며, 당연직위원은 재정경제부차관·과학기술부차관·산업자원부차관·정보통신부차관·노동부차관·건설교통부차관·예산청장·국세청장·중소기업청장·금융감독위원회부위원장·공정거래위원회부위원장 등이다.
위원회에는 실무위원회와 간사를 두고, 필요한 경우 전문위원과 계약직 공무원을 두었다. 실무위원회는 위원장이 지정하는 안건을 검토하여 위원회에 보고하고, 실무위원회의 구성 및 운영에 관하여 필요한 사항은 위원회의 의결을 거쳐 위원장이 정하였다. 간사는 중소기업청 소속공무원 중에서 중소기업청장이 지정하는 자가 되었다.
위원회의 회의는 위원장이 대통령의 소집요구가 있는 때, 위원회의 사전의결이 있는 때, 재적위원 3분의 1이상의 소집요구가 있는 때, 기타 위원장이 필요하다고 인정하는 때에 소집하고, 그 의장이 되며, 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결하였다.
또한 위원회의 사무를 처리하고 그 업무를 지원하기 위하여 관계 중앙행정기관의 공무원 및 관련기관·단체의 임·직원을 겸임 또는 파견 받았다. 그리고 전문적인 사무를 처리하게 하기 위하여 전문위원 또는 계약직 공무원을 두었다. 위원장은 위원회의 회의결과를 대통령에게 보고하였다. 위원회는 중소기업의 경영동향과 애로사항을 조사하거나 세미나 및 심포지엄 등을 개최하고, 관계기관·단체 및 전문가 등에 대하여 조사·연구를 의뢰하였다.
2008년 이명박 정부 대통령직 인수위원회의 결정에 따라 폐지되었다.