11권 5책. 목활자본. 이 책은 1936년 저자의 손자 윤종한(尹宗漢)·윤창한(尹昌漢)이 편집, 간행하였다. 『중재문집』 권두에 문인 이병운(李柄運)의 서문이 있고, 발문은 없다.
권1에 시 123수, 권2∼6에 서(書) 130편, 권7에 잡저 4편, 서(序) 9편, 기(記) 2편, 권8에 발(跋) 4편, 명(銘) 2편, 잠(箴)·찬(贊) 각 1편, 상량문 5편, 고축문(告祝文) 8편, 권9에 제문 38편, 애사 1편, 권10에 신도비명 1편, 묘갈명 2편, 묘지 4편, 묘표 3편, 행장 4편, 권11은 행록 1편, 유사 7편 등이 수록되어 있다.
『중재문집』의 시는 만시(輓詩)가 주종을 이루고 있다. 송근수(宋近洙)·송병선(宋秉璿)·우성규(禹成圭) 등에 대한 것이 있다.
문집의 대다수를 차지하고 있는 서는 스승·교우·문인·자제들과 주고받은 것이다. 경서(經書)와 관계된 문답이 주류를 이룬다. 그 가운데 최익현(崔益鉉)에게 올린 편지는 급변하는 시세(時勢)를 개탄하는 내용이다.
스승 송병순(宋秉珣)과 13년(1838∼1851) 동안 주고받은 많은 편지와 그 밖에 송병선·전우(田愚)에게 올린 편지를 통하여 왜적에게 국권을 빼앗긴 선비의 비분강개하는 마음을 엿볼 수 있다. 윤봉주가 장복추(張福樞)와 주고받은 편지에는 도학 가운데에 경(敬)을 중시하는 유자의 태도가 잘 드러나 있다.
『중재문집』의 잡저에 수록된 「연재어록(淵齋語錄)」·「연재행록(淵齋行錄)」과 제문의 「제연재송선생문(祭淵齋宋先生文)」·「재제문(再祭文)」 등에서는 경술국치 때에 을사오적을 처단하라는 상소를 올렸다가 뜻대로 되지 않자 음독자결한 송병선의 의리정신을 기리는 추모의 정을 잘 나타내고 있다.
한말 어지러운 나라의 정세를 걱정하는 우국지사의 마음과, 기호학파의 최익현·송병선·송병순, 영남학파의 장복추 등의 당대의 거유(巨儒)들을 사숙한 저자의 개방적인 학문정신 및 당시 학계의 전반적인 분위기를 이해하는 데 참고자료가 된다. 국립중앙도서관에 소장되어 있다.