설립 당시 공옥학교(攻玉學校)의 건물을 사용하여 중학교 정도의 교육을 실시하였다.
야간으로 운영되었으며, 기독청년을 대상으로 시작하였다가 점차 범위를 넓혀 누구나 배우며 애국할 수 있는 청년교육을 실시하였다. 개화운동의 선구자인 강화도의 이동휘(李東輝), 수원의 임면수(林勉洙) 등은 청년학원에서 배우고 고향으로 돌아가 학교를 설립하여 애국계몽운동을 실시하였다.
또한, 교사자격이 있는 사람을 대상으로 한 국어강습소를 청년학원내에 개설하여, 주시경(周時經)이 매주 일요일마다 국어를 가르치기도 하였다.
당시 청년학원은 애국지사들의 총집합소로서, 기독교의 중견인물을 비롯하여 노백린(盧伯麟)·이상재(李商在)·남궁 억(南宮檍)·이동녕(李東寧)·이승만(李承晩)·신채호(申采浩)·윤치호(尹致昊)·김구(金九)·이준(李儁)·최광옥(崔光玉) 등이 모였으며, 신민회(新民會)의 기관학교로서 독립사상 고취에 노력하다가 1914년 일제에 의하여 강제로 폐교당하였다.