그 전신은 1899년 관립으로 설립된 경성의학교로서, 1916년의 「경성의학전문학교관제」가 발표됨에 따라 폐지되고 경성의학전문학교로 흡수되었다.
교육목적은 의학에 관한 전문교육을 실시하여 질병 진찰의 지식과 기능을 구비한 의사 양성에 두었다. 수업연한은 4년이며, 1918년부터 특별의학과 학생이라는 명칭으로 매년 3분의 1 가량의 일본인 학생을 공학시키게 되어 한국인 학생수는 상대적으로 감소되었다.
부속병원을 두고 광복 전까지 운영되다가, 1946년 10월에 경성제국대학 의학부와 합쳐져서 서울대학교 의과대학으로 흡수되었다.