대한불교조계종 직할교구 본사인 조계사(曹溪寺)의 말사이다.
416년(장수왕 4) 인도승에 의해서 창건되었다고 한다. 그 인도승은 진나라를 거쳐 우리나라로 들어와서 절터를 물색하였다. 고려 산에 이르러 다섯 빛깔의 연꽃이 만발한 연지(蓮池)를 발견하고, 다섯 송이의 연꽃을 꺾어서 공중으로 날려 연꽃이 떨어지는 곳마다 사찰을 창건하였는데, 이 곳에는 청련이 떨어졌기 때문에 청련사라 하였다고 한다. 일설에는 창건시기를 조선시대 초기로 추정하기도 하는데, 절의 중창에 대한기록은 조선 후기부터 보여 지고 있다.
1821년(순조 21) 비구니 포겸(包謙)이 폐허화된 이 절을 중창하였고, 1906년 비구니 계근(戒根)이 법전(法殿)을 중수하였으며, 1909년 선혜(善慧)가 산신각을 신축하였다. 그 뒤 비구니 정현(淨賢)은 1916년에 불상을 개금(改金)하고 감로탱화(甘露幀畵)를 조성하였고, 1919년에는 범종(梵鐘)을 조성하였으며, 1936년에는 전면적인 중수를 단행하였다.
현재 이 절은 비구니들의 수도처가 되고 있으며, 1821년의 중창 이후 계속 비구니들이 주석하였다. 현존하는 당우로는 대웅전(큰법당)을 비롯하여 산신각 · 종각(鐘閣) · 요사채 등이 있으며, 큰법당 안에 2012년 보물로 지정된 목조아미타여래좌상과 2004년 각각 인천광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 삼장탱(三藏幀) 및 현왕탱(現王幀)이 봉안되어 있다. 부속암자인 원통암(圓通庵)에는 2004년 인천광역시 유형문화재로 지정된 감로왕탱(甘露王幀)이 있다.