청석교굴은 충청북도 청주시 미원면 운암리에 있는 자연 동굴이다. 굴의 입구는 높이 약 5m, 너비 약 10m이다.
청석교굴은 청석굴이라고도 불리며 달천의 지류인 미원천에 맞닿아서 발달한 하식애(河蝕崖) 방향으로 입구가 만들어져 있다. 청석교굴은 고생대 오르도비스기와 캄브리아기에 걸쳐 형성된 것으로 알려진 옥천누층군의 화전리층에 해당하는 사암, 천매암 그리고 석회질 셰일로 만들어졌다. 암석의 색은 회색에서 옥회색이며 습곡(褶曲) 작용의 영향을 받아 둥근 아치의 형태로 암석층이 휘어 있다. 각 지층에는 특징적인 퇴적층의 층리가 형성되어 있으며 층별로 갈라져 떨어지는 속성이 있다.
청석교굴이라는 명칭은 청석교차로 인근 마을의 동쪽 200m 지점의 바위 언덕에 있어서 생긴 이름이다. 현재는 마을을 연결하는 다리가 청석굴교로 불리고 있으며, 하식벽에 암벽 등반장이 만들어져 있다.
동굴 입구의 윗절벽에는 두 개의 동구(洞口)가 있는 복합적인 굴이며, 현재 개방된 통로는 직선적인 수평굴로 입구에서 50m 지점의 왼쪽 벽면에 몇 개의 컵마이크라는 성혈(性穴)이 마모된 채 남아 있는 것으로 알려져 있다. 동굴의 안쪽 끝부분은 세로 20㎝, 가로 40㎝의 작은 구멍이 이어지는 것으로 확인되나 동굴의 끝이 확인되지는 않았다. 동굴의 기온은 19℃(7월), 습도는 60%로, 입구가 넓고 크기 때문에 외계의 영향을 많이 받았다 동굴벽의 상부에는 석회 성분이 녹이 만들어지는 초기 형태의 종유석이 일부 관찰된다.
동굴 생물은 운암천이 가까이 있고 홍수 때 침수하는 관계로 거의 없고, 외래성인 박쥐 · 개구리 · 거미류가 있을 뿐이다. 굴 입구의 동굴 바닥 지하 1m 밑에서는 검은색의 노지(爐地)가 15∼30㎝ 두께로 나타났는데, 선사시대의 주거지였음을 알 수 있다.
해당 지형은 청주시의 옥화 9경 중 제 1경으로 불리고 있으며 충청북도와 청주시가 지정한 공식 명칭은 청석굴이다.