원래 충청·전라·경상도의 수군절도사 중에서도 3도 수군을 통제하는 통제사는 경상우도의 수군절도사가 겸임하였으며 바로 그 아래 관직인 경상우도의 수군우후(水軍虞候)도 다른 지역의 수군우후와는 달리 통우후(統虞候)를 겸하고 있었다.
1865년(고종 2) 중앙정부가 3도 해안방어의 임무를 총책임지는 요충지로서의 경상우도 통영(統營)의 중요성을 고려하여 삼남지방의 통영곡(統營穀)은 일체 통영에서 관리하며 3도의 감영(監營)에서 간섭할 수 없도록 하였다.
이와함께 통제사도 타도의 수군절도사와는 달리 그 실질적 지위를 올려 총융사(摠戎使)와 같은 위계가 되게 하였다. 이에 따라 그 막하(幕下)의 통우후도 지위상 타도의 수군우후와 달리 통제중군으로 개칭하여 위계를 승격시켰고 그 임기는 2년으로 하였다.
그리고 각 관아의 조직서열에서 통영의 위계도 올리게 되어 통제사가 중앙의 각 아문(衙門), 각 지방의 영문(營門)에 보내는 관첩(關牒 : 관청끼리 주고 받는 공문서)의 형식을 바꾸고 이를 규정하는 절목(節目)을 작성하도록 하였다. 한편, 실질적 권한을 부여하는 일환으로서 개칭, 승격된 통제중군은 군량미의 관리를 위하여 파견되었다.