1955년 9월 서울특별시 동대문구 이문동에서 초대회장 김진규(金眞圭), 사무총장 윤두영(尹斗榮)과 신도 70여 명이 모여 한국이슬람협회를 발족하였으며, 터키군 이맘이었던 압둘 라흐만(Abdul Rahman)과 주베르 코치(Zubeyr Koch)를 이맘으로 추대하였다.
초창기 10여 년간의 포교와 운동의 어려움을 딛고 1965년 한국이슬람교중앙협의회로 재발족하고, 1967년 3월 문화공보부로부터 재단법인 인가를 받았다.
조직으로는 이 중앙연합회 및 산하단체 소속의 재산관리에 목적을 둔 재단법인 한국이슬람교가 있고, 산하에는 청년회·부인회·학생회·경로회 등의 신도단체와 서울모스크·부산지회·경기광주지회·제다지회·산지회·쿠웨이트지회·인도네시아지회 등의 7개 지회가 있다.
방계로, 이맘(Imam : 집단예배인도자) 아래 사리아위원회·선교위원회가 있고, 재단이사장 아래 대학건립위원회와 코란번역위원회가 있다.
주요사업은 이슬람선교사업, 성원 건립 및 관리운용, 교리연구 및 선교를 위한 간행물 출판, 국제간 종교문화교류 등이다. 교세는 성원 5개, 교직자 5명이고, 신도수는 약 4만명이다. 『무슬림주보』와 『주간 무슬림신문』을 발행하고 있다.