종교학, 종교사학 및 특수 종교전통의 전문 학자들로 구성되어 있으며, 회원 상호간 또는 연구 단체 간의 연락과 협조를 도모하고 종교학을 구성하는 모든 연구 분야의 발전을 목적으로 설립하였다.
박양운(朴養雲)·유동식(柳東植)·장병길(張秉吉) 등이 중심이 되어 1970년 설립되었으며, 오법안이 초대회장으로 취임하였다. 1970년 9월부터 매달 월례 학술발표회와 특별 강연회를 개최하는 등 활발한 활동을 벌였으며, 1972년 4월에는 학회지 『한국종교학』을 창간하였다. 문화공보부의 후원 아래 두 차례의 한국종교 실태조사가 행해져, 그 결과로 『한국 신흥 및 유사종교 실태조사 보고서』와 『한국의 종교』가 발간되었다.
1973년 7월 제14회 월례학술발표회를 마지막으로 1982년 10월에 학술발표회가 재개될 때까지 10년 간 학회 활동이 중단되었다. 당시 회원들의 대다수가 호교론적 성향을 가졌기 때문에 객관적 연구를 공유하기가 어려워 학회운영이 중단될 수밖에 없었다.
1980년대 초부터 국내외에서 훈련받은 새로운 종교학자들이 학문 활동을 시작하면서 학회가 재건되었고, 1982년부터 정기 학술발표회를 다시 개최하게 되었다. 1986년 5월에는 『종교연구』로 학회지의 이름을 바꾸어 제2집으로 삼았다. 이후 서울대학교 외에도 서강대학교(1982)와 한신대학교(1993)에 종교학과가 설치됨에 따라 크게 활력을 보태게 되었다.
1980년대에 한국의 다종교(多宗敎) 상황 문제에 사회와 학계의 관심이 높아짐에 따라 국사학자, 사회과학자, 기독교 신학자, 불교학자, 유교 및 이슬람 학자를 포함하여 특수 종교 전통의 연구 학자와 한국역사와 문화 연구에 관련된 다양한 학자들이 한국종교학회에 적극적으로 참여하였다.
1985년 ‘한국 공교육에 있어서 종교교육의 문제’에 대한 학술발표를 통해 중·고등학교 교양교육 과정의 개정에서 종교교육의 바람직한 방향을 제시하였다. 1990년 학회 발표 내용을 모아서 『죽음이란 무엇인가』와 『한국종교연구사』라는 두 권의 단행본을 펴냈다.
한국의 다종교 상황 속에서 종교에 대한 객관적 이해가 점점 더 중요시되어 가고 있는 현실적 여건으로 인해 종교학적 시각의 유용성을 계몽하는 데 주력하는 한편, 회원 각자의 심화된 연구 업적 창출에 많은 관심을 기울이고 있다.
불교, 기독교, 유교, 도교, 이슬람교, 무속, 한국종교, 인도종교, 종교사회학, 종교심리·종교교육, 종교철학, 비교종교학, 종교현상학, 신종교의 14개 분과회로 구성되어 있으며, 회원들 간의 동향을 알리기 위해 수시로 뉴스레터를 발행하고 있다. 학회지 『종교연구』는 2019년 현재 제79집까지 발간되었다.
종교학 연구와 보급에 있어서 우리 사회의 중추 기능을 담당하고 있다.