1960년대 한국의 종교적 상황이 다종교사회의 성격을 뚜렷이 띠자, 종교인들간에 대화의 필요성이 대두되었다.
이에 1965년 12월 불교 · 유교 · 원불교 · 천도교 · 천주교 · 개신교 등 6개 종단이 협의기구로 ‘한국종교연구협회’를 결성하고 제1회 정기총회를 가졌다.
1966년 12월 제2회 정기총회에서 명칭을 ‘한국종교인협회’로 개칭하였으며, 1972년 2월에 다시 ‘한국종교인협의회’로 바꾸었다. 그리고 1988년 3월 25일에 현재의 명칭으로 변경하였고, 2013년 서울시에 사단법인으로 등록되었다. 2020년 현재 협의회에는 위 6개 종교를 포함하여 세계평화통일가정연합, 한국이슬람교, 예수그리스도 후기성도교회, 대한천리교, 대순진리회, 대종교, 수운교를 비롯한 여러 민족종교와 종교단체들이 함께 초종교 운동을 전개하고 있다.
설립목적은 한국 종교인들의 공통과제를 검토, 협의하여 실천함으로써 사회 발전과 국가 발전 더 나아가 인류평화를 위하여 봉사하고 종교 간 화합을 통한 한반도 평화 구축에 이바지하는 데 있다. 또한 타 종교의 전통을 존중하여 종교 간 분쟁과 충돌을 막고, 종교인들끼리 친교를 도모하며, 각 종교의 교리를 진실되게 신앙하고 생활화함으로써 참신한 사회 기풍을 도모하는데 그 목적을 두고 있다.
이 목적을 달성하기 위하여 국내외 학술세미나 · 성지순례 · 초종교 목요기도회 · 봉사활동 · 종교평화문화축제 · 평화대행진 · 효정 초종교 장학생 인성교육 프로그램 등을 개발하여 종단 간 활발한 교류를 진행하고 있다. 특히 세계평화종교인연합(IAPD)과 대한민국기독교성직자협의회(KCLC) 결성을 통해 초종교 평화운동과 종교연합 운동에 박차를 가해 나가고 있다.
한국종교협의회의 주요 활동으로는 종교평화운동, 종교연합운동, 미래인재양성 등 크게 3가지 사업으로 구성되어 있으며, 종교 간 대화와 협력을 통한 에큐메니컬운동을 전개하고 있다. 이를 바탕으로 모든 종단이 국민으로부터 신뢰와 사랑을 받을 수 있는 국민종교로 성숙할 수 있도록 협조하고, 인류의 본질적 화해와 궁극적 평화를 가져올 협의체로 성장해 나가기 위한 끊임없는 고민을 여러 종단과 하고 있다
종교평화운동 차원에서는 종단간 지속적인 만남과 교류를 통해 회원 종단을 비롯한 국내외 종교지도자들이 참여하는 실질적인 평화운동을 전개하고 있다. 국내외 학술세미나 · 초종교 평화대행진 · 초종교 목요기도회 · 종교지도자 간담회 · 윷놀이 남북공동 유네스코 인류무형문화유산 등재를 위한 세미나 등의 개최를 통해 하나님 중심의 통일세계 구현을 위해 노력하고 있다.이를 위해 초종교 목요기도회, 종교평화 국제/국내 세미나, 신년 간담회 및 정기총회 등을 개최하고 있다.
종교연합운동 차원에서는 종교평화문화축제 · 초종교 봉사활동 · 종교지도자 친선축구대회(종교평화 피스컵) · 초종교 성지순례 · 종단간 실무자 회의 등의 주기적 활동을 통해 신뢰받는 종교가 되도록 만들어 나가고 있다.이를 위해 종교평화문화축제, 종교평화 피스컵,종교평화 초종교 성지순례 등을 개최하고 있다.
한국종교협의회에서는 미래인재양성을 위해 평화의 꿈과 비전을 가진 초종교 학생들을 지원하고 있다. 이를 위해 선학 글로벌 초종교 장학생 선발, 효정 초종교 장학생 인성교육 및 해외연수, 초종교 장학생 성지순례 등을 실시하고 있다.
유관단체로는 세계평화종교인연합(IAPD : Interreligious Association for Peace and Development), 대한민국 기독교 성직자 협의회(KCLC : Korean Clergy Leadership Conference)가 있다.