1949년 10월 「대한해운공사법」이 제정, 공포되면서 반관반민의 특수회사로서 조선우선주식회사를 흡수, 병합하여 1950년 1월에 설립되었다. 1955년 9월 동남아 정기항로를 개설하였고, 1957년 10월 5일 「대한해운공사법」이 폐지되어 12월 30일자로 「상법」에 의한 주식회사로 전환하였다. 1962년 5월 미태평양항로를 개설하였고, 1968년 7월 뉴욕정기항로를 개설하였으며, 1968년 11월 민영화되었다.
1975년 6월 구주운임동맹에 가입하였고, 1976년 9월 미국정기항로에 취항하게 되었고 동시에 미국 현지법인을 설립하였다. 1979년 6월 일본에, 11월 홍콩에 현지법인을 설립하였다.
1980년 2월 주식회사대한해운공사에서 대한선주주식회사로 상호를 변경하였고, 직영 육송회사인 선주통운주식회사를 설립하였다. 1980년 6월 서독 함부르크와 영국 런던에 현지법인을 설립하였다.
1984년 9월 선주상선을 흡수, 합병하였으며, 12월 미국 로스앤젤레스에 전용부두를 개장하고, 1985년 10월 선적정보센터를 개설하는 등 해상운수업의 확대를 기하였다. 1988년 3월 대한선주㈜에서 ㈜대한상선으로 상호를 변경하였고, 12월 ㈜한진해운합병 및 ㈜한진해운으로 상호를 변경하였다. 1989년 1월 조양상선과 구주공동 운항을 개시하였고, 1992년 4월 일본 오사카 전용터미널을 개장하였다.
1993년 7월 미주 전지역 내륙화물 무서류 자동통관절차 전산화를 구축하였고, 1994년 5월 동경 전용터미널을 개장하였으며, 1994년 6월 중국 천진항에 물류합작법인을 설립하였다.
1995년 9월 동양 최초로 멤브레인형 LNG선을 인수하여 취항하였고, 1996년 3월 한국최초이자 세계 최대형, 최고속 5,300TEU급 컨테이너선을 취항하였다. 1996년 5월 제1회 바다의 날 기념식에서 금탑산업훈장을 수상하였고, 그 해 12월 독일 2위의 선주회사인 DSR-SENATOR사의 지분을 인수하여 최대주주가 되었다.
주요 사업은 해운업·창고업·부동산임대업·선박판매업·항만운영개발 및 항만하역업·종합물류업·조선 및 수리업 등이다. 주요 제품과 구성비율은 컨테이너선 87%, 벌크선 7%, 터미널, 3PL 등 6% 등이다.
관계회사로는 한진시핑 싱가포르(HANJINSHIPPING SINGAPORE PTE, LTD)·한국해저통신㈜·거양해운㈜ 등이 있다.
2015년 기준 총자산은 7조 3852억 원, 자본금은 1조 2263억 원, 연간 매출액은 7조 6695억 원이다. 본사는 서울특별시 영등포구 여의도동에 있다.
2011년 이후 경기불황에 의해 지속적인 적자가 발생한 한진해운은 2016년 9월 경영 악화로 법정관리에 들어갔으며, 2017년 2월 법원으로부터 파산선고를 받게 되었다.