해양·수산 분야에 관한 국내외 동향과 정보를 신속히 수집·관리함으로써 국가의 해양·수산정책수립을 지원하고 나아가 해양·수산관련산업의 진흥과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 하여 1997년 4월에 설립되었다.
주요 사업으로는 해양·수산정책과 관련된 문제에 대한 조사·연구·분석, 국내외 해야·수산정책의 비교·연구, 국내외 해양·수산관련산업의 동향과 정보의 수집·관리 및 보급, 해양·수산관련 국제협약 및 조약에 관한 연구, 국내외 연구기관·개인에 대한 연구용역의 위탁 및 정부·국내외 연구기관·민간단체 등으로부터의 연구용역의 수탁, 국내외 연구기관과의 해양·수산정책에 관한 공동연구, 해양·수산관련산업 종사자에 대한 연수, 연구결과의 출판 및 발표, 해양·수산관련법령에 의하여 정부로부터 수탁한 사업 등이다.
한국해양수산개발원에는 이사장과 원장 각 1인을 포함하 9인의 이사와 감사 1인을 두며, 주요 조직으로는 국제물류연구센터·해사정책연구실·환경안전연구실·수산경제연구실·항만개발연구실·어촌관광연구실·정보시스템연구실 등 5개 연구실과 기획조정실(해양수산정보센터)·행정실·수산기술관리평가팀·2010해양EXPO팀 등이 있다.
국제물류연구센터의 주요기능으로는 효율적인 국제물류체계 구축을 위한 국가정책방안 제시, 국제와 국내물류시스템의 통합운영 및 체계구축에 관한 연구, 항만·물류단지·복합화물터미널 등 주요 물류인프라의 개발 및 운영방안 연구, 국제복합운송의 효율화에 관한 연구 등이 있다.
해사정책연구실은 중장기 국가 해양수산정책 개발, 해운산업 발전 및 해운기업 경영전략 연구, 해양수산 부문의 동향 및 정보의 수집·분석·전망, 선원제도 및 교육에 관한 연구, 해사관련 금융·세제에 관한 연구 등이 있다.
환경안전연구실은 해양환경보전 및 해양오염 방지에 관한 연구, 해상 및 항만 안전정책에 관한 연구, 국가방제 긴급계획에 관한 연구, 연안통합관리에 관한 연구 등이 있다.
수산경제연구실은 수산업 경영과 수산자원 이용 및 관리에 관한 연구, 200해리 경제수역체제와 관련된 수산정책에 관한 연구, 수산금융·기금운용·정부보조금에 관한 연구, 수산물 유통(수급·가격·유통시설 등) 정책에 관한 연구 등이 있다.
항만개발연구실의 주요 기능으로는 전국항만의 시스템적 연계개발을 위한 중장기 항만개발정책 및 계획수립 연구, 산업구조변화에 따른 항만물동량 예측과 각 항만의 최적개발규모 연구, 주요 국가의 항만정책 비교연구를 통한 우리나라 항만개발정책 연구 등이 있다.
어촌관광연구실은 어촌종합개발계획에 관한 연구, 해양관광개발에 관한 연구, 어항 및 어업생산 기반시설에 관한 연구 등이 있다.
정보시스템연구실은 자동화컨테이너 터미널 구축방안 연구, 항만하역 자동화장비 개발 및 정책수립에 관한 연구, 21세기 미래형 차세대 컨테이너터미널 하역시스템 연구, 중장기 항만하역장비 현대화 방안 연구, 항만정용 시뮬레이션 모델 개발에 관한 연구 등이 있다.
기획조정실은 국내외 해양·수산관련 자료들의 수집·관리를 위한 해양수산관련 전문도서관인 해양수산정보센터의 운영 등이 있다.
수산기술관리평가팀은 국내외 수산기술 동향분석 및 기술수요조사 및 예측, 수산기술개발사업의 장단기 목표설정 및 추진체계 수립, 연구과제의 선정 및 평가·진도관리 등이 있다.
주요 간행물로는 전문학술지 『해양정책연구』(연2회)·『해양수산동향』(주간)·월간 『해양수산』·『해운통계요람』(연간)·『KMI 세계해운전망』(연간) 등이 있으며, 매년 연구보고서가 간행된다.