대한불교조계종 제3교구 소속인 낙산사의 부속암자이다. 낙산사 의상대(義湘臺) 북쪽 300m 지점에 있다.
672년(문무왕 12) 의상(義湘)이 관음보살의 진신(眞身)을 친견하고 대나무가 솟은 곳에 지은 불전(佛殿)이라 한다. 또, 일설에는 의상이 이곳을 참배할 때 푸른 새를 만났는데 새가 석굴 속으로 자취를 감추자 이상히 여겨 굴 앞에서 밤낮으로 7일 동안 기도를 하였다. 7일 후 바다 위에 홍련(紅蓮)이 솟아 그 가운데 관음보살이 현신하였으므로 이 암자 이름을 홍련암이라 하였다고 전한다. 바닷가 암석굴 위에 자리 잡은 이 암자의 법당 마루 밑을 통하여 출렁이는 바닷물을 볼 수 있도록 지어졌다. 의상에게 여의주(如意珠)를 바친 용이 불법을 들을 수 있도록 배려하여 이와 같이 지었다고 한다. 이와 같은 구조를 가졌던 감은사지(感恩寺址)의 법당은 죽어서 용이 된 문무왕이 출입할 수 있도록 역시 법당 밑에 바닷물이 통하도록 하였다. 신라 및 고려시대의 중창의 역사는 전해지지 않고 있으며 임진왜란 이후인 1752년(영조 28) 덕린(德麟)이 중수하였고, 1797년(정조 21) 혜근(慧勤)이 중수하였으며, 1802년(순조 2) 청호(晴湖) · 흥운(興雲)이 중수하였다. 1975년 원철(園哲)이 중창하여 옛 모습을 복원하였다.
홍련암은 1984년 강원도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었으며 당우로는 관음전과 요사채가 있다. 사리탑은 1971년 강원도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 근처의 해안에는 보기 드문 석간수가 있는데, 이 샘은 원효(元曉)가 양양의 영혈사(靈穴寺) 샘물을 석장(錫杖)에 담아 끌어왔다는 설화가 전한다.