1980년 1월 환경청이 발족되었으며, 1980년 7월 전국 6개 지역에 지방환경측정관리사무소가 설치되었고, 이어 1984년 3월 오염물질 배출업소 점검업무를 관장하기 위하여 환경오염중앙지도점검반이 설치되었다.
1986년 10월 환경측정관리사무소와 환경오염중앙지도점검반을 통합, 서울 등 6개 지역(서울·부산·광주·대구·대전·원주)에 환경지청을 설치하여 환경영향권역별 환경관리를 위한 지역특성에 맞는 대책을 수립·시행하게 되었다.
1990년 1월에 환경청이 처로 승격됨에 따라 환경지청도 지방환경청으로 승격운영해오다 1991년 낙동강 페놀사건 이후 1992년 6월 공단지역 및 특정유해물질 배출시설 관리업무를 지방자치단체로 일원화함에 따라 지도과가 폐지되고 관리과가 신설되었다.
1994년 1월 낙동강 식수오염사고, 영산강 물고기폐사사건 등 오염사고가 발생함에 따라 1994년 5월 물관리일원화의 필요성이 제기되었고 지방자치단체에서 관리해오던 공단지역 배출시설 관리업무 이관 등 국가공단 배출시설 관리업무를 환원하여, 6개 지방환경청을 5대 강 수계를 중심으로 4대 강 환경관리청(한강·낙동강·금강·영산강)과 4개 지방환경관리청(대구·원주·전주·인천)으로 개편하였다. 2002년 환경관리청은 환경청으로 변경되었다. 2018년 현재 한강유역환경청, 낙동강유역환경청, 금강유역환경청, 영산강유역환경청, 수도권대기환경청, 원주지방환경청, 대구지방환경청, 새만금지방환경청 등이 있다.
또한 지방환경청이 소재하고 있지 않은 지역 중 공장밀집지역 또는 환경오염심화가 우려되는 지역에 환경출장소를 설치하여 운영하고 있다.