4권 2책. 석인본. 1967년 아들 종호(鍾虎)가 편집하고 간행하였다. ≪흠재문집≫ 권두에 이기윤(李基允)의 서문이 있다. 권말에 이문세(李文世)·채종락(蔡鍾樂)의 발문이 있다. 권1은 시 166수, 권2는 서(書) 23편, 권3은 잡저 6편, 서(序) 2편, 발(跋) 3편, 잠(箴) 1편, 축문 3편, 제문 6편, 묘갈명·가장 각 2편, 행장 1편, 권4는 부록으로 상량문·유사·행장·묘지명 각 1편 등이 수록되어 있다.
≪흠재문집≫의 시는 만시가 주종을 이룬다. 스승 서영곤의 연경서당(硏經書堂)에서 벗들과 종유하며 지은 시도 여러 수가 보인다. 내용은 주로 이황(李滉)에 대한 흠모의 정과 학문하는 자세를 노래한 것이다. 서당 주변의 경치를 읊은 서정시도 보인다.
≪흠재문집≫ 잡저에는 <연경서당통문 硏經書堂通文>·<성존심비설변 性尊心卑說辨>·<경국설 警國說> 등이 실려 있다. <성존심비설변>은 동문수학하던 이경직(李景職)이 스승 전우(田愚)의 <성존심비설>을 채문기가 보고 논변한 것이다. 전우가 자신의 성리학의 과제로 ‘성품을 높이고 마음을 낮춘다.’고 한 이 설은 마음을 이(理)라고 주장하는 ‘심즉이설(心則理說)’과 상반되는 것으로 한말 성리학의 쟁점으로 등장한 것이다., <성존심비설변>은 스승의 <성존심비설>을 모두 10개 단락으로 나누어 축조 토론, 분석한 것이다.
≪흠재문집≫의 <경국설>은 꿈에 ‘경국’이라는 가공의 나라에 갔던 일을 적은 것이다. 입몽과 각몽 과정이 뚜렷한 몽유의 문학적 수법을 빌려온 뒤, 이어 인간의 본성과 ‘경(敬)’의 가르침에 대한 자신의 견해를 개진한 글이다.
≪흠재문집≫ 부록에 실려 있는 <획해설 獲蟹說>은 족종 헌식(憲植)이 지은 것이다. 채문기의 효(孝)에 대한 마음을 나타내고 있다. 어머니의 상을 당하여 시묘 3년에 마침내 병을 얻었으나 게장(蟹醬 해장)을 바르고 나은 일을 적은 것이다. 국립중앙도서관도서에 있다.