윤기열은 전라남도 장성 출신으로 현재의 대전광역시에 소재한 한성신학대(漢城神學大)를 졸업하였다. 그는 1977년 목사 안수를 받은 뒤 기독교대한복음교회 총무, 기독교대한복음교회 총회장 등을 역임했으며 기독교대한복음교회 부산남천중앙교회 담임목사로 활동하였다.
윤기열 목사가 소속된 교단은 1935년 최태용(崔泰瑢)에 의해 설립된 기독교대한복음교회로서, 신앙은 복음적이고 생명적이어야 하며, 신학은 충분히 학문적이어야 하며, 교회는 한국인 자신의 교회여야 한다는 점을 강조하였다. 이 교단은 미국 선교사들이 가져다준 서구적인 신학 경향을 거부하고 신학의 토착화를 주장하는 특색을 지니고 있었다. 이 때문에 일제강점기에는 보수적인 성향을 지닌 미국인 선교사들과 조선인 교역자들로부터 비판과 이단 시비의 대상이 된 적도 있었다. 복음교회가 주로 호남지방인 익산·군산·김제·임실·금마 지역과 충청남도 서산 등지를 중심으로 활동하였기 때문에, 장성 출신인 윤기열 목사도 복음교회의 산실에서 성장한 셈이다.
윤기열은 2001년 기독교대한복음교회(基督敎大韓福音敎會, Korea Evangelical Church) 총회장 재직 중 한국기독교교회협의회(韓國基督敎敎會協議會, KNCC) 회장으로 선출되어, 세계·한반도의 평화 구축, 교단간의 연합과 교회 갱신, 문화적·인종적 소외자들과의 연대, 지역교회협과의 유대강화, 민족의 회복과 생명 신앙 등을 향후 과제로 제시하는 등 다양한 활동을 벌였다.