농어촌특별세는 우루과이라운드 타결에 따라 농어촌경쟁력 강화를 위한 투자재원 조달방법으로 제정되었으며, 적용기간은 1994년 7월 1일부터 2014년 6월 30일까지 20년간이다.
이 세목의 납세의무자는 다음과 같다. ①「농어촌특별세법」제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세∙법인세∙관세∙취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자, ② 「법인세법」제55조 제1항 또는 제95조의 규정에 의한 세율을 적용받는 법인세의 납세의무자중 과세표준금액이 5억원을 초과하는 법인, ③ 「개별소비세법」제1조 제2항의 물품 중 제1호 가목 1∙2, 제1호 다목, 제2호 나목 1∙2의 물품 또는 같은 조 제3항 제4호의 입장행위에 대한 개별소비세 납세의무자, ④ 「증권거래세법」제3조 제1호에 규정된 증권거래세 납세의무자, ⑤ 「지방세법」에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자, ⑥ 「종합부동산세법」에 의한 종합부동산세의 납세의무자.
농어촌특별세의 과세표준은 조세감면액, 개별소비세액, 증권거래금액, 취득세액, 종합부동산세액 등에 추가하여 부과(surtax)된다.
그러나 창업중소기업 및 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 및 중소기업 등에 대한 특별세액감면 및 농 · 어민 또는 연금저축 · 장기주택마련저축 등에 대한 감면 등의 비과세조치가 있다.
농어촌특별세는 산업화 및 농산물시장 개방 등의 영향으로 낙후된 농어민의 생활환경 향상 및 농어업경쟁력 강화를 위한 재원확보를 목적으로 1994년 이후 10년간 시행을 목표로 제정되었다. 그러나 당초의 기대에 미치지 못한 부분이 있어 2003년 12월 31일에 농어촌 특별세의 효력기간을 2014년 6월 30일까지 연장하도록 관련 법령을 개정하였고, 2023년 12월 31일에 다시 2034년 6월 30일까지 효력을 가지는 것으로 연장하였다.
농어촌특별세의 연간 세수에 융자금 이자 등을 합산하여 각종 농어가 지원사업에 사용된다. 지원규모만을 보면, 적은 금액이 아니지만 우리나라의 농어업경쟁력은 그다지 향상의 폭이 크지 않은 것으로 평가되고 있다.